استنكر المهندس، عماد توماس، عضو مجلس نقابة المهندسين، رفض إدارة معهد الدراسات القبطية، قبوله في دبلوم الدراسات العليا قسم (تاريخ قبطى) بسبب كونه ينتمى إلى الطائفة الإنجيلية. وقال توماس، فى تصريحات صحفية، اليوم السبت: إنه قام بالاتصال أولاً بسكرتارية المعهد لمعرفة هل يقبل المعهد طلابًا إنجيليين أم لا، فكان الرد عليه بعد مراجعة إدارة المعهد، بطلب حضوره لإجراء المقابلة الشخصية.. وبالفعل حضر المقابلة يوم الجمعة 16 أكتوبر 2015، ونجح فيها. وأضاف، وعندما توجهت يوم الجمعة 23 أكتوبر لحضور أولى المحاضرات، فوجئت بعدم ورود اسمى في كشف المقبولين، فطلبت لقاء الدكتور سامى صبرى، مدير المعهد، الذي رفض بحجة انشغاله، وعندما أصر على لقائى وأنه سيصدر بيانًا صحفيًا لتوضيح الأمور، حضر ورفض إعطاءه أي ورقة تفيد سبب الرفض. وأكد توماس، أن ما حدث معه تمييز طائفي غير مبرر وضد مواد الدستور المصرى، في المادة (53) التي تنص على أن "المواطنون لدى القانون سواء، وهم متساوون في الحقوق والحريات والواجبات العامة، لا تمييز بينهم بسبب الدين، أو العقيدة أو الجنس، أو الأصل، أو العرق" إضافة إلى أن "التمييز والحض على الكراهية جريمة، يعاقب عليها القانون".. خاصة أنه اتبع كل الإجراءات الإدارية المطلوبة، وأن دراسته في قسم (التاريخ القبطى) بعيدة عن أي اختلافات طائفية، فالتاريخ القبطى هو تاريخ كل المصريين وليس قاصرًا على طائفة معينة.. ولائحة المعهد لا تمنع غير الأرثوذكس من الانضمام له، وأنه يحلم أن يكون المعهد مفتوحًا لجميع المصريين بلا تمييز، خاصة أنه في عهد الراحل الأنبا غريغوريوس أسقف عام الدراسات اللاهوتية والثقافة القبطية والبحث العلمي، ومدير المعهد الأسبق، كان يقبل المعهد طلبة مسلمين. ولفت "توماس"، إلى أنه يقوم بتدريس مادة "التراث العربى المسيحى" بإحدى كليات اللاهوت في مصر، إلا إن حبه للمعرفة والعلم والتخصص في التاريخ القبطى، جعله يخوض تجربة الانضمام للدراسة بالمعهد، مشيرًا إلى أن معركته ليست شخصية لكنه يريد إرساء مبدأ المساواة وعدم التمييز طبقًا لمواد الدستور المصرى، بين الجميع بفتح أبواب المعهد لجميع المصريين. وأهاب توماس، قداسة البابا تواضروس، الرئيس الأعلى للمعهد، الذي يبذل جهودًا كبيرة في التقارب بين الكنائس، بالتدخل الفورى وإجراء تحقيق عادل فيما حدث، وإعلان نتيجة التحقيق للرأى العام، خاصة أن هذا المعهد عندما تم تأسيسه كان يهدف إلى إعادة أمجاد مدرسة الإسكندرية اللاهوتية التي احترمت التنوع والاختلاف.. مستشهدًا بقول البابا في مقال بمجلة الكرازة أن الكنيسة "يجب أن تمد أيديها نحو الجميع بلا تفرقة وبلا تمييز على أرضية المحبة المسيحية". كما طالب مجلس كنائس مصر، الذي تم تأسيسه لدعم التقارب بين الكنائس، أن يقوم بدوره الذي أنشئ من أجله، بعيدًا عن برقيات التهانى للمسئولين واللقاءات الودية، وأن يأخذ زمام المبادرة بإعلان موقفه الواضح من دعمه لفتح أبواب المعهد لجميع المصريين ومناهضته للتمييز الطائفى.