مع كل تعديل أو إلغاء للقانون الضريبي يفترض دائما وجود أهداف يسعي لتحقيقها هذا التعديل أو الإلغاء وبعد فترة من التطبيق يتطلب الأمر الوقوف علي مدي تحقق الأهداف وما يواجه التطبيق العملي من مشكلات وذلك هو ما يتم بالنسبة للقانون 91 لسنة 2005 والذي مضي علي صدوره وتطبيقه أكثر من عام حيث واجه هذا القانون العديد من الصعوبات التي جعلت الخبراء يطالبون بتفعيله حتي يحقق الغرض من إصداره وتحقيق استقرار المجتمع الضريبي. في البداية يقول الدكتور السعيد شعيب أستاذ المحاسبة المساعد بتجارة بنها أن القانون 91 ستة 2005 والخاص بالضريبة العامة حظي بانتقادات وجدل لم يحظ به قانون ضرائبي آخر حتي بعد صدوره وتطبيقه حيث نجد أن كثيرا من مواده لا تحقق ما أراده المشرع الضريبي من أهداف مما يترتب علي ذلك كثير من المشكلات والصعوبات في التطبيق العمل وأولي تلك المشكلات ما نتج عن التفاوض بين المادة الثانية من مواد الاصدار والمادة 121 من القانون بشأن لجان الطعن واختصاصها في نظر المنازعات التي نشأت قبل صدور القانون 91 لسنة 2005. فالمادة (2) تنص علي الغاء اللجان القديمة في 31/12/2005 وأن تحال باقي المنازعات القديمة للجان الجديدة التي سوف تشكل في القانون الجديد وهذا يتعارض مع ما جاء في المادة (121) التي حددت اختصاص لجان الطعن الجديد في نظر أوجه الخلاف بين الممول والمصلحة في المنازعات المتعلقة بالضرائب المنصوص عليها في القانون 91. ويضيف الدكتور شعيب أن هناك تعارضاً وتناقضاً بين نص المادة (26) من القانون والمادة (24) من اللائحة التنفيذية فيما يختص بالأرباح الرأسمالية مما أوجد الكثير من المشكلات عند تطبيقه المادتين وخاصة المجموعة البند (3) من المادة (25) من القانون فضلا عن وجود تعارض ظهر في لتطبيق بين المادة (82) من القانون 91 لسنة 2005 والمادة (35) من القانون 8 سنة 1997 والخاص بضمانات وحوافز الاستثمار مما أحدث كثيرا من الارتباك خاصة وأن الهيئة العامة للاستثمار أصدرت كتابا تنص فيه بعدم التزام الشركات المعفاة من تقديم اقرار ضريبي. ويشير شعيب إلي أن نماذج الاقرارات الضريبية التي أصدرتها وزارة المالية للممولين أرقام (،27 28) موجهة للنشاط التجاري فقط وأغفلت باقي لأنشطة ولكنه يجب أن يكون تصميم النماذج الاقرارات موجهة لكافة الأنشطة أو الغاء ما يفيد أن تكلفة المبيعات خاصة بالنشاط التجاري فقط. الملفات القديمة يقول نصر أبو العباس عضو مجلس إدارة جمعية الضرائب المصرية: إنه رغم إصدار وزير المالية تعليمات باتخاد الإجراءات والتدابير اللازمة لإغلاق ملف قانون الضرائب السابق حتي يبدأ الممولون والإدارة الضريبية صفحة جديدة مع قانون الضرائب رقم 91 لسنة 2005 والذي انفرد عما سبقه من قوانين بأن تضمن في المادة الثانية من مواد إصداره نصا يلغي العمل بالقانون رقم 157 لسنة 1981 لأنه قانون جديد وليس تعديلا لما سبق من قوانين إلا ان المشاكل والمنازعات الضريبية السابقة والمتعلقة بالقانون القديم مازالت مستمرة ومازالت الملفات القديمة مفتوحة والسبب الأساسي هو الإرث الضخم من الملفات التي لم ينته فحصها وتقدر بالملايين إما في المأموريات أو موجودة في لجان الطعن والتي تم حلها وتوقف عملها بناء علي نص المادة الثانية من القانون 91 في 31/12/2005. ويضيف أبو العباس ان الأكثر خطورة هو سقوط الضريبة عن الممولين أصحاب هذه الملفات لأنها سوف تدخل ضمن مدة التقادم والتي تتراكم سنويا بدون فحص حتي ما قبل عام 2004 مشيرا إلي ان تأخير تشكيل لجان الطعن في القانون 91 لسنة 2005 يساعد في ضياع حصيلة هذه الملفات من ضرائب. ويؤكد المستشار الضريبي أبو العباس انه لا يوجد فراغ تشريعي، مما ذكره البعض بالنسبة لإلغاء لجان الطعن المشكلة طبقا للقانون القديمة معتمدين في ذلك علي ما جاء في نص المادة 121 من القانون الجديد رقم 91 لسنة 2005 لأن المادة الثانية من مواد إصدار القانون مكملة لباقي مواد القانون وبذلك يكون للجان الطعن الجديدة نظر المنازعات المتعلقة بالقانون السابق 157 لسنة ،1981 وكذلك المنازعات الجديدة ولكن المشكلة تأخر صدور قرار تشكيل هذه اللجان حتي الآن.