وجهت العديد من الائتلافات و الروابط المهتمة بقضايا التعليم انتقادات حادة للنظام الجديد للثانوية العامة الذي يتبناه د. طارق شوقى وزير التعليم. أعلنوا رفض تطبيق النظام الجديد خلال الفترة الحالية، وطالبوا الوزير بعرض النظام المقترح كاملا على الرأى العام و المجتمع من خلال بيان رسمى يوضح كل التفاصيل والخفايا حتى يمكن تقييم المشروع و إبداء الرأي فيه. عبرت عبير أحمد مؤسس" اتحاد أمهات مصر للنهوض بالتعليم" عن غضب أولياء الأمور من أسلوب الاستخفاف بالعقول الذى تنتهجه وزارة التعليم للحصول على دعم و موافقة أولياء الأمور على النظام الذى تريدة حتى لو كان المشروع بدون ملامح واضحة و لا دراسة كافية. أوضحت أن الوزير فى محاولة منه للالتفاف وامتصاص الاعتراضات لجأ لتغيير مسمى المشروع من النظام التراكمى للثانويةالعامة إلى النظام المعدل دون أى تغيير يذكر فى المضمون. أصدر "اتحاد أمهات مصر" بيانا يطالب فيه بتطبيق النظام الجديد فى حاله إقراره على التلاميذ الملتحقين بالصف الأول الابتدائي العام الدراسى القادم. وإن يبدأ التطوير من بداية السلم التعليمى ليشمل جميع المراحل التعليمية و ليس الثانوية العامة فقط، حتى يمكن تدريب الطلاب على الوسائل التكنولوجية الحديثة مثل التابلت و بنك المعرفة الذى يعتمد عليها المشروع.