بسبب الجدل بين الطلاب ما بين مؤيد ومعارض لإجرائها هذا العام خاصة علي لائحة 79 والتي يطلق عليها "لائحة أمن الدولة " حيث وصل الأمر إلي رفع اتحاد طلاب جامعة القاهرة دعوي قضائية ضد وزارة التعليم العالي تطالب بوقف انتخابات الاتحادات الطلابية وتتهم الوزارة بمحاباة طلاب الإخوان المسلمين الذين يصرون علي إجراء الانتخابات الطلابية وفقًا للائحة القديمة والتي امتنع طلاب الإخوان العام الماضي عن إجراء الانتخابات علي أساسها.. ووصل الأمر إلي الدخول في اعتصامات مفتوحة أو التشاحن مع إدارات الجامعات. ويقول"عمرو إبراهيم.. عضو المكتب التنفيذي لاتحاد طلاب مصر ورئيس اتحاد جامعة عين شمس": إن انتخابات اتحادات الطلبة التي تجري حاليا مهددة بعدم الشرعية وذلك لعدم التزام جميع الجامعات باللائحة الطلابية القديمة.. خاصة في جامعتي عين شمس والقاهرة بعد ان اسقطتا بعض البنود الخاصة بالترشح للانتخابات التي كانت تعرقل الحركة الطلابية.. وهناك العديد من الطعون والقضايا التي رفعت ضد هذه الانتخابات التي تفقد جزءا من شرعيتها.. وإجراء الانتخابات في ظل اللائحة الطلابية القديمة يسمح لعميد الكلية بتعيين اتحاد الطلبة إذا لم يتقدم أحد بالترشح خلال 3 أيام. ويؤكد" مصطفي فؤاد عضو حركة 6 أبريل بجامعة عين شمس": إن استجابة وزير التعليم العالي لعشرات الطلاب الذين طالبوا بإجراء الانتخابات في ظل اللائحة القديمة التي وصفها بلائحة أمن الدولة قرار يثير السخرية قبل الشكوك ويمثل انعداما للشفافية. اللافت للانتباه هو أن الكل أرجع سر ومسئولية الأزمات الموجودة حاليا وتحديدا أزمة وفتنة "انتخابات اتحادات الطلبة" إلي جماعة الإخوان المسلمين الذين غيروا مواقفهم فجاة بعد أن كانوا علي رأس الرافضين لاجراء هذه الانتخابات في هذا التوقيت الحرج وهو ما نشرته آخر ساعة في أعداد سابقة - حيث أعلنوا في وقت سابق عن رفضهم التام لإجراء الانتخابات في الفصل الدراسي معتبرين ذلك وسيلة لتشتيت جهود الطلاب ومطالبهم وشغلهم بانتخابات تأتي باتحادات طلابية غير قادرة علي تنفيذ برامجها الانتخابية لاقتراب العام الدراسي من نهايته وتنص اللائحة الطلابية علي إجراء انتخابات جديدة في الأسبوع الخامس من الفصل الدراسي الأول في العام الجامعي الجديد..وأن تلك الانتخابات لن تكون ذات جدوي لأن الاتحاد المنتخب لن يعمل سوي لخمسة وعشرين يوما فقط فضلا عن سهولة الطعن عليه قضائيا لصدور اللائحة الطلابية التي أقرها الوزير بقرار وزاري وليس بقرار جمهوري بما يجعل اللائحة المعمول بها حاليا في منزلة قانونية أعلي وفقا للقاعدة القانونية التي تنص علي أن القرارات الجمهورية لا تلغي إلا بقرارات جمهورية مماثلة..وفجاة تغير حالهم تماما من النقيض الي النقيض.. والأكثر إثارة أن ردود افعال الطلبة المنتمين الي جماعة الإخوان المسلمين اختلف من جامعة إلي أخري.. ففي الوقت الذي نفي فيه طلبة "الإخوان المسلمين" في بعض الجامعات جامعة القاهرة موافقتهم إجراء مثل هذه الانتخابات لكنهم سيشاركون في حال فتح باب الترشح لها.. إلا أن طلاب الاخوان المسلمين في جامعات أخري مثل الزقازيق تزعموا جبهة إجراء الانتخابات بأي شكل من البداية بل وشاركوا وبشكل أساسي في الاعتصام الذي تمت الدعوة له لاجبار الوزير علي إقامة الانتخابات بل وحرصوا علي الفوز باغلب المقاعد في كافة الاتحادات داخل الكليات.