اختار أخناتون مكانا لم يعبد فيه آله من قبل في منطقة مصر الوسطي تعرف اليوم باسم تل العمارنة وقد استغرق إنشاء العاصمة الجديدة حوالي العامين. عندما تولي أخناتون الحكم إلي جوار أبيه أمنحتب الثالث أقام في العاصمة طيبة الأقصر حاليا- بل وأقام معبدا للإله آتون داخل معبد الكرنك من أحجار صغيرة يطلق عليها علماء المصريات اسم أحجار التلاتات لأنها تساوي مقدار ثلاثة أشبار باليد. وبعد أن وجد أخناتون عداء واضحا وصريحا من كهنة أمون؛ زاد في عناده وقام بتغيير اسمه من أمنحتب الرابع بمعني رضي أمون إلي أخناتون النافع أو المفيد لآتون. ولم يجد أخناتون في النهاية سوي مغادرة طيبة والانتقال إلي مكان جديد وكان هذا قرب نهاية العام الرابع من حكمه. اختار أخناتون مكانا لم يعبد فيه اله من قبل في منطقة مصر الوسطي تعرف اليوم باسم تل العمارنة؛ وقد أطلق عليها اسم أخت أتون بمعني أفق آتون وبني فيها مقصورة ومعابد لآتون. وقد استغرق إنشاء العاصمة الجديدة حوالي العامين. والغريب أن أخناتون أقام ما يعرف بلوحات الحدود وعددها حوالي ستة عشر لوحة عثر علي بعضها بالعمارنة وتونة الجبل وعلي هذه اللوحات أقسم أخناتون أنه لن يغادر حدود آخت آتون طول حياته. وربما يكون ذلك إشارة إلي العداء والذي واجهه آخناتون سواء من بعض المقربين له وكذلك كهنة أمون؛ ولذلك بدأ يمحو اسم أمون بل وبدأ في اختيار المقربين له؛ وانصرف تماما عن حدود الإمبراطورية بل وبدأ الأمراء في فلسطين يستنجدون به وهو لا يسمع النداء حتي إنهم كتبوا إلي أمه الملكة تي للتدخل وذلك بعد ازدياد نفوذ مملكة خيتا. وقد حاول بعض المتآمرين اغتياله ولكن الحراس استطاعوا أن ينقذوا حياته. ونعرف تفاصيل هذه المؤامرة من خلال ما تركه محو رئيس الشرطة بمدينة أخت آتون. ومن خلال أخت آتون بدأ آخناتون في عبادة آتون وهنا قد نشير إلي بعض النقاط الهامة في هذه الديانة الجديدة التي أبطل فيها آخناتون عبادة كل الألهة السابقة وقال إن الكون به اله واحد فقط وليس الهة متعددة. وجعل آخناتون من نفسه وسيطا بين آتون وبين الناس؛ وربما كان ذلك سببا رئيسيا من أسباب انهيار دعوة آخناتون بعد مماته. اختلفت معابد آتون عن معابد الآلهة المصرية من قبل حيث كانت معابد آتون مفتوحة للناس وليست مغلقة ومحجوبة عن الناس. ويعتقد البعض أن الملكة تي أم آخناتون عندما وصلت إلي آخت آتون فبدأت العلاقة تسوء بين آخناتون ونفرتيتي وربما يكونا قد انفصلا وعاش كل منهما بعيدا عن الآخر. ومن أهم ما عثر عليه في العمارنة ذلك الأرشيف الضخم من الرسائل التي تعرف بخطابات العمارنة وهي رسائل متبادلة بين ملوك وأمراء الشرق الأدني القديم وملك مصر سواء كان أمنحتب الثالث أو أخناتون؛ بل إن بعض الرسائل وجه مباشرة إلي الملكة تي. والرسائل مكتوبة بالخط المسماري علي الواح من الطمي المحروق. وكان العثور علي رسائل العمارنة من أهم الاكتشافات الأثرية في أواخر القرن التاسع عشر الميلادي؛ وللأسف الشديد كان الكشف عن طريق الصدفة وبواسطة فلاحة تنقل السباخ ولا نعرف مقدار ما فقد من هذه الرسائل قبل أن تعرف طريقها إلي تجار الآثار لينتبه علماء الآثار إلي هذه الرسائل ويتم الكشف عن باقي الأرشيف بطريقة علمية. وهناك بعثة انجليزية برئاسة عالم المصريات باري كمب يعمل بحفائر تل العمارنة منذ سنوات بعيدة واستطاع نشر العديد من الكتب والأبحاث المهمة عن تخطيط المدينة وعن الحياة بها بل وعن المقبرة الملكية لأسرة آخناتون0