انتهت الجمعية العمومية لقسمي الفتوى والتشريع ، بمجلس الدولة ، إلى تشكيل لجنة محاسبية ، لحل النزاع بين جامعة الإسكندرية ومصلحة الضرائب المصرية بشأن حساب الضريبة المستحقة عن الأجور والمرتبات التي صُرفت للعاملين بالإدارة المركزية لمستشفيات الجامعة ، من عام 2016 حتي 2019 . بداية الواقعة ، قيام مأمورية ضرائب التفتيش على المصالح الحكومية بالإسكندرية بفحص الضريبة المستحقة عن الأجور والمرتبات التي صُرفت للعاملين بالإدارة المركزية لمستشفيات الجامعة والوحدات الخاصة والمشروعات ذات الطابع الخاص التابعة لها (حساب التبرعات، حساب صندوق الأغراض، حساب التطوير، حساب العلاج بأجر) ، انتهت إلى وجود فروق ضريبية عشرة ملايين وأربعمائة وثمانية وسبعون ألفًا وستمائة وتسعة وثلاثون جنيهًا، وقد طعنت الجامعة على هذا التقدير . اقرأ أيضا| «الفتوى والتشريع» تُنهي نزاع بين المجتمعات العمرانية وأكاديمية الفنون وطلبت الفتوى من اللجنة ، تحديد إذا كانت الجامعة سددت أي مبالغ تحت حساب هذه الفروق خلال تلك الأعوام، وفي الحالة الأولى بيان مقدار هذه المبالغ على وجه الدقة، ومدى صحة ما انتهت إليه لجنة الطعن الضريبي، وكذا بحث جميع أوجه اعتراضات وطعون الجامعة على الإجراءات المُتخذة من قِبل مصلحة الضرائب المصرية .