اتهمت هيئة كبار العلماء بالأزهر، تيارات فكرية علمانية وماركسية بتكوين تحالف لشن حرب شرسة على الإسلام وتراثه الفكري والحضاري وعلى الأزهر الشريف عبر استخدام فضائيات وصحف ومجلات. وشددت الهيئة، على أن "الحرب على الأزهر ترجع إلى أنه اتخذ من حراسة الشريعة وعلومها، والعربية وآدابها – وهما جماع هوية الأمة – رسالته المقدسة، التي رابط علماؤه على ثغورها منذ ما يزيد على ألف عام مؤكدة أنه رغم كل ذلك سيظل الحصن الحصين لتراث الأمة وهويتها الحضارية في مواجهة مختلف التحديات، ومهما كانت شراسة هذه التحديات ومهما كانت الجهات التي تقف وراءهم، ويؤكد الأزهر أنه سيكون لهم بالمرصاد". وأصدرت الهيئة، بيانا ضد ما وصفته بأنه ظاهرة غير مسبوقة يتعرض الأزهر الشريف – في السنوات الأخيرة- ، مؤكدة أنه يتعرض لحملة شرسة، تجاوزت تحميله -ظلمًا- مسئولية بروز ظاهرة العنف العشوائي، التي تروّع الآمنين، وتستخدم القوة لفرض الآراء، وتجاوز ذلك إلى تجريج ثوابت الإسلام، والطعن في التراث الفكري والحضاري الذي جعل من أمتنا العالم الأول على ظهر هذه الأرض لأكثر من عشرة قرون، والذي استلهمته أوربا في بناء نهضتها الحديثة. وأكدت الهيئة أن "هذه الحملة الظالمة تجاوزت كل أنواع النقد إلى الطعن الفج في ثوابت التراث، ومذاهب أهل السُّنَّة والجماعة، المجسدة لهوية الأمة وتميزها الحضاري، بالدعوة إلى إحراق هذا التراث وإهانة الأئمة والأعلام العدول الذين أسهموا في إبداعه وفي حمله جيلًا بعد جيل". وأضافت الهيئة: "رأينا فضائيات تصف كتب التراث الإسلامي -التي قامت على خدمة الكتاب والسُّنَّة- بأنها «كتب النفايات البشرية التي مثلت لعنة حلَّت على الأمة، والتي يجب حرقها ودفنها.. فكل التراث مبني على النفاق والكذب والتدليس»!! كما تصف هذه الفضائيات ثمرات قرون صدر الإسلام -القرون الثلاثة الأولى- بلعنة الإرهاب والقتل والدموية والترويع، والكارثة الكبرى التي حلت بحياتنا". وذكرت أنها "تصف الدين – الذي هو وحي وتنزيل إلهي ووضع إلهي ثابت- بأنه منتج بشري، لا يصح أن يكون علمًا.. وتصف علوم الحديث النبوي بالتافهة.. وتحكم بأن كل التخلف والعته والسفه في المجتمعات الإسلامية منذ ألف سنة سببه الفكر الإسلامي والمذاهب الفقهية الأربعة، وأئمة هذه المذاهب الذين تقول عليهم هذه الفضائيات «إنهم أئمة الشيطان، الذين يتعلم منهم الشيطان» ورأينا مجلات «ثقافية» تتهم أئمة الإسلام بأنهم أئمة الثقافة التكفيرية وتعدّ الأئمة: الشافعي ومالك وأبا حنيفة وابن حنبل والأشعري والباقلاني والبخاري والشهرستاني والغزالي -وأمثالهم- في زمرة التكفيريين. أشارت إلى أنه "رأينا واحدًا من هؤلاء المتمركسين – الذين يناصبون الأزهر العداء – يعلن أن الإسلام دين "مادي" ويختزله في مجرد مشروع سياسي – هو مشروع الحزب الهاشمي الذي أسسه عبد المطلب، ونفذه حفيده –محمد – صلى الله عليه وسلم –لإقامة الدولة العربية ويتهم الرسول –صلى الله عليه وسلم – بأنه ورث التوحيد عن جده عبد المطلب.. وأخذ اسم الإسلام عن زيد بن عمرو بن نفيل .. واستعان بشعر أمية بن أبي الصلت في صياغة التراكيب والألفاظ التي ادعى أنها وحي إلهي .. بينما هي – في هذا الهذيان الماركسي – مواريث جاهلية !!".