وصف وزير الأوقاف د.محمد مختار جمعة، دعوة د.عبد الرحمن البر المفصول من جامعة الأزهر، إلى إعلان الجهاد في مصر بأنها "خيانة شرعية ووطنية ودعوة سافرة صريحة للإرهاب تستحق المحاكمة. وأضاف أن الدعوة تكشف عن طبيعة جماعة الإخوان وفكرها الإرهابي وتبنيها للعنف وإعلائها مصالحها النفعية فوق أي مصلحة وطنية"، مما يستوجب كشف طبيعتها في تبني العنف والإرهاب. وقال وزير الأوقاف - في تصريح له – السبت 17 مايو - في إطار زيارته الحالية لمحافظة سوهاج يرافقه وكيل الأزهر الشريف الدكتور عباس شومان - "ليفصح لنا عبد الرحمن البر عن دعوته للجهاد لمن ضد من؟"، مؤكدا أن أهل مصر جميعا، مسلمون ومسيحيون، وجميع المقيمين بها معصومو الدم، لا يعتدي على دمائهم أو أموالهم أو أعراضهم إلا إرهابي خائن لدينه ووطنه. من جانبه، شدد د.شومان - في تصريح مماثل - على أن الجهاد في الإسلام ضد الأعداء وليس ضد المؤتمنين من النصارى واليهود باعتبارهم أهل ذمة ولا يجوز الاعتداء عليهم، معلنا رفضه لتلك الدعوة المخالفة للإسلام. من جانب آخر، تفقد وزير الأوقاف ووكيل الأزهر توسعات مستشفى الدعاة بأسيوط وبعض المشروعات التي تنفذها هيئة الأوقاف.