أنتقد المديرالعام للهيئة الانجيلية السابق والخبير التنموي د. نبيل صموئيل بعض الممارسات التي يقوم بها المحسوبين على الكنيسة الانجيلية والتي تخلق جوا شديد الانتقاد من قبل المواطنين وتسبب حرجا للكنيسة. وأشار صموئيل إلى أن استقبال الكنيسة المشيخية د. محمد بديع مرشد الأخوان المسلمين من قبل خطأ شديدا. وبرر صموئيل ذلك بأن هذا معناه الاعتراف بشرعية شيء محظور لأن الكنيسة كيان مشهر ومعترف به من قبل الدولة وجماعة الأخوان غير كانت غير معترف بها وهو أمرا لم يكن مقبولا وكنت أتصور أن تقابل قيادات الكنيسة قيادات حزب الحرية والعدالة على أساس أن هذا حزب سياسي معترف به من قبل الدولة وهو ما أثار لغط شديد في الشارع المصري عامة والشارع الكنسي على وجه الخصوص .