انتظمت حركة القطارات التي بدأت الهيئة في تشغيلها السبت 28 سبتمبر، وعددها 10 قطارات بالوجه البحري و4 قطارات بالوجه القبلي، وسط تكدس بين الركاب بالمحطات. وأكد رئيس هيئة السكك الحديدية المهندس حسين زكريا أن الهيئة بدأت في تشغيل القطارات ال10 التي أعلنت عن تشغيلها بين الإسكندرية وبنها، وفقا للمواعيد التي حددتها لها. وقال زكريا إن أول قطار من الإسكندرية تحرك الساعة 7.15 صباحا، ونفس الحال بالنسبة للقطارات ال4 التي بدأت في التحرك بين أسوان وقنا وتحرك أول قطار من الأقصر 7.30 صباحاً. وأضاف أن القطارات التي تحركت وجميعها مميزة شهدت إقبالاً كبيراً من المواطنين في أول أيام تشغيلها التي توافد على المحطات لاستقلالها. وأشار إلى أنه يوجد تنسيق تام مع شرطة النقل والمواصلات لتأمين رحلات هذه القطارات، مع تواجد مكثف لقوات الشرطة بالمحطات. وكانت الجهات الأمنية وافقت على استئناف حركة القطارات بشكل جزئي بين الإسكندرية وبنها بالوجه البحري، وأسوان وقنا بالوجه القبلي مع وضع خطة لتأمين القطارات والمحطات لمواجهة أي محاولات شغب أو تخريب. وتنتظر هيئة السكة الحديد ورود موافقة الجهات الأمنية لتشغيل خط الصعيد بأكمله وجميع الخطوط الأخرى، وسط تخوف من أعمال شغب أو تخريب قد تحدث في ظل تهديدات عناصر الإخوان.