وصف الشيخ مظهر شاهين القرار الصادر من وزارة الأوقاف بعدم التعامل مع الكنيسة الإنجيلية بالفضيحة الكبرى لأن ذلك يفتح باب الفتنة الطائفية بمصر. وأضاف في مداخلة هاتفية مع الإعلامي محمود سعد ببرنامج آخر النهار الخميس 11 إبريل، أن ما يزيد الأمر تعقيدا أن القرار صدر من وزارة منوط بها وئد الفتنة إلا أن ذلك جاء كقرار رسمي مختوم! وتساءل شاهين، "هل نعيش في مجتمع يحتمل مزيدا من الانقسامات؟ وهل قامت الوزارة بشراء الأئمة؟، موضحًا "أن هذا ليس أسلوبا للتعامل بعد ثورة نادت بالحرية ، فلم يكن يجرؤ المخلوع حسني مبارك أن يقول لأحد من الشيوخ ألا يدخل إلى كنيسة أو ألا يتعامل مع مسيحي، فهم شركاء لنا في هذا الوطن". وأشار شاهين، إلى أن كنيسة قصر الدوبارة هي من أجلست الرئيس د.محمد مرسي على كرسي الحكم بمشاركتها في الثورة، معلنًا رفضه لهذا القرار واستمرار تعامله مع الكنيسة. وذكر الشيخ مظهر شاهين أنه قام باستشارة عدد من القانونيين فيما يخص قرار وقفه عن مزاولة عملة كإمام لمسجد عمر مكرم وأوضحوا له أن هذا القرار معيب لأنه لم يصدر كقرار صحيح من الوزارة وإنما خرج في شكل إشارة من الوزير وهذا غير صحيح قانونيا، وعليه فإنه أرسل تظلمًا بالبريد لوزير الأوقاف لوقفهم نصف راتبه بدون تحقيقات. ودعا شاهين في نهاية مداخلته الرئيس محمد مرسي للصلاة خلفه غدا في المسجد قائلا "أنا أدعو الرئيس ليأتي ويسمع الخطبة التي تم إحالتي بسببها إلى الوقف، كما أحمله وجماعة الإخوان المسلمين أية اعتداءات قد تحدث لي غدا في مسيرة بعد الصلاة من الجامع إلى كنيسة قصر الدبارة".