تسبب تأخر صرف الزيادة المالية التي أقرها مشروع جودة الأداء عام2008 لأعضاء هيئة التدريس في تفجير حالة من الغليان بين أساتذة المراكز والمعاهد البحثية التابعة لوزارة التعليم العالي, خاصة أن أقرانهم في الجامعات صرفوا أربع دفعات من هذه الزياة مما دمفع د. السيد أبوالفتوح عمر رئيس نادي أعضاء المراكز البحثية إلي اتهام وزارة التعليم العالي بتجاهل مطالب هذه الفئة من الأساتذة والكيل بمكيالين. وقال في تصريحات ل الأهرام المسائي إن القانون50 لسنة1972 الخاص بالمراكز البحثية وهو القانون المكمل للقانون49 لسنة1972 يساوي بين أعضاء هيئات التدريس بالجامعات والمراكز في المراكز الوظيفية وللأوضاع المالية, مشيرا إلي أنه يتلقي يوميا مئات الشكاوي من أعضاء والتي تنادي جميعها بعقد اجتماعات عامة عاجلة لمناقشة هذه الأزمة إلا أن الظرف السياسي الحالي لا يسمح بتنظيم أي فعالية احتجاجية تتعلق بهذا الشأن خاصة وأن الوزير كان قد أعلن أنه سيتم تضمين مبالغ الزيادات المالية ضمن الموازنة العامة للعام المقبل. وأكد د.أبوالفتوح بالمراكز البحثية, يصعب السيطرة عليه خاصة وأن د.أحمد نظيف رئيس مجلس الوزراء, كان قد أعلن عدم رضاه عن تطبيق استمارة تقييم الأداء التي يتم صرف الزيادات بموجبها علي أساتذة المراكز لاختلاف مخرجات البحث العلمي عن مخرجات الجامعات, وبالفعل تم تعديل الاستمارة بالشكل الذي حظي برضاء كل من الوزير ورئيس الوزراء ولكن دون جدوي, وأشار إلي أن نصيب المراكز من الزيادات المالية بموجب المشروع تعادل سدس الميزانية المخصصة للجامعات. في المقابل أكد د.ماجد الشربيني رئيس مجلس البحث العلمي التابع لوزارة التعليم العالي أنه تم تعديل الاستمارات بتضمينها مؤشرات تبرز الأداء والمخرجات وتم تطبيقها بالفعل علي قطاع واسع من أعضاء المراكز البحثية إلا أن هذا الملف لم يطرأ عليه أي جديد علي مستوي الوزارة أو المجلس. وقال إن تأخر صرف الزيادات بالنسبة للمراكز سببه نقص التمويل, مشيرا إلي أن الزيادات سوف يتم تضمينها في الميزانية الجديدة اعتبارا من أول يوليو المقبل, إلا أنه لم يتم صرفها بأثر رجعي بالنسبة للمراكز, وذلك رغم أن مشروع زيادة الدخول المرتبط بجودة الأداء. أعلن رئيس الوزراء بصدده أنه سيطبق علي أعضاء هيئات التدريس بالجامعات والجهات البحثية علي السواء. وكشف عن وجود نظام جديد سيشمل أعضاء المراكز البحثية بتمويل منفصل عن الجامعات, مشيرا إلي أنه لا يمكن تحديد ميزانية محددة لها لأن الاشتراك في المشروع اختياري وليس إجباريا وبالتالي لم يتم حصر المشتركين فيه حتي الآن إلي جانب أن73% من الباحثين تابعون للجامعات و13% للمراكز البحثية التابعة للتعليم العالي وبالتالي لا يمكن تحديد الميزانية بنسبة وتناسب مع الجامعات. تجدر الإشارة إلي أن د.هاني هلال كان قد أعلن منذ إقرار المشروع أنه سيطبق علي كافة مؤسسات التعليم العالي من جامعات ومعاهد ومراكز بحثية ومعاهد, وأنه كذلك صالح للتطبيق علي جميع المراكز البحثية بالوزارات المختلفة وهو ما تسبب في حالة من الغضب الشديد داخل مراكز الوزارات لعدم استفادتهم من المشروع.