أثار مشروع القانون الموحد للتعليم العالي جدلا واسعا بين الخبراء وأساتذة الجامعات بعد إعادة طرحه علي موقع وزارة التعليم العالي الإلكتروني تحت عنوان: رؤية وزارة التعليم العالي لتطوير المؤسسات التابعة لها. وكانت المعالم الرئيسية للتشريع الموحد قد طرحت في سبتمبر2006. كما كان الدكتور هاني هلال, وزير التعليم العالي قد نفي مرارا وجود مثل هذا التشريع أو إعداده, إلا أن الرؤية المطروحة بالموقع الالكتروني للوزارة تناقض هذا النفي. ولم يسلم المشروع بصورته الحالية من الاتهامات بشبهة عدم الدستورية ومجانبة الصواب بل ومطالبة الوزارة بمراجعته لابتعاده عن واقع التعليم العالي في مصر ومخالفته القانون49 لسنة1972 المنظم للجامعات. وأكد الدكتور فاروق إسماعيل رئيس لجنة التعليم بمجلس الشوري أن الدستور المصري ينص بوضوح علي أن التعليم في مصر مجاني في جميع مراحله وبالتالي فإنه يجب علي الحكومة أن تكفل هذه المجانية لا أن تعتبرها خدمة تقدمها المؤسسة التعليمية للطالب بمقابل مادي كما ينص مشروع القانون, قائلا إن المشروع بهذه الصورة إذا عرض علي مجلس الشعب وتم إقراره وأصبح قانونا نافذا فمن السهل جدا الطعن عليه بعدم الدستورية, فالطالب لا يمكن أن يكون طرفا في أي تعاملات مادية لأن العلاقة بين المؤسسة التعليمية جامعة أو معهدا أو غيرها وبين الحكومة مباشرة. وأضاف أن مشروع القانون بهذه الصورة ما هو إلا محاولة لتطبيق النظام الاقتصادي الذي أتبع في قطاع الأعمال العام في مجال التعليم العالي وشتان ما بين المجالين. وأشار إلي ضرورة أن يتم اختيار عميد الكلية بالانتخاب مع استمرار اختيار رؤساء الجامعات بالتعيين. ورفض د. نبيه العلقامي أستاذ الإدارة بجامعة حلوان ووكيل لجنة التعليم والبحث العلمي بمجلس الشوري المشروع بملامحه المعلنة, مؤكدا أنه ينسف مبدأ مجانية التعليم الذي يكفله الدستور وأن اعداد تشريع موحد للجامعات غير ممكن لأن الجامعات لها سمات وطبيعة تختلف عن المعاهد التي تختلف بدورها عن المراكز البحثية, كما أن الجامعات الحكومية لها خصائص تميزها عن الجامعات الخاصة أو الجامعات الأهلية ولا يمكن أن يجمع تلك المؤسسات تشريع واحد. ووصف العلقامي واضع المشروع بأنه يلعب بالألفاظ ولابد من إعادة النظر فيه خاصة أن هناك عددا كبيرا من المؤتمرات التي تناولت قضية تطوير التعليم عقدت منذ عام2002 وخرجت بتوصيات ونتائج وسياسات توجب أمانة المسئولية وجديرة بالسير علي هداها.