احدثت اللائحة التنفيذية لقانون الجامعات الخاصة والأهلية حالة انقلاب داخل تلك الجامعات وباتت مطالبة بتوفيق أوضاعها حسب ال41 مادة التي تضمنتها اللائحة ووضعت قواعد لتنظيمها تضمنت عقوبات مشددة في حالة المخالفة تصل إلي حد وقف قبول الطلاب بها وإلغاء الترخيص ومنحت الأعلي للجامعات الخاصة سلطة تحديد اعداد المقبولين والحد الادني للقبول ونسب اعضاء هيئة التدريس وان تكون النسبة الغالبة في رأسمال الجامعة مملوكة لمصريين. وقال الدكتور هاني هلال وزير التعليم العالي والدولة للبحث العلمي إن الجامعات المقامة قبل صدور اللائحة ستقوم بتوفيق اوضاعها وان اللائحة اجازت تحويل الجامعة الخاصة إلي أهلية بناء علي طلب للوزارة من رئيس الجامعة بعد موافقة مجلس الامناء غير المشروطة وكذلك موافقته علي نقل جميع حقوق الجامعة الخاصة إلي اهلية من حيث الارض والمنشآت والتجهيزات وموافقة مؤسس الجامعة غير المشروطة علي نقل حقوقهم المالية بالجامعة إلي الجامعة الأهلية اعتبارا من صدور قرار رئيس الجمهورية وايضا تقديم صورة طبق الاصل من القوائم المالية للجامعة الخاصة عن العامين السابقين لتقديم طلب التحويل. وأوضح الدكتور حاتم البلك امين مجلس الجامعات الخاصة والأهلية ان اللائحة الجديدة اشترطت لشغل وظيفة رئيس ونائب رئيس الجامعة الخاصة والأهلية ان يكون قد شغل وظيفة استاذ لمدة لاتقل عن خمس سنوات كما يشترط لشغل وظيفة معيد الحصول علي تقدير جيد جدا في المجموع التراكمي وألا يقل تقديره في مادة التخصص عن جيد. وأكد البلك ان اللائحة وضعت عقوبات حيث أكدت انه اذا خالفت الجامعة الخاصة والأهلية احكام القانون او اللائحة التنفيذية او قرار انشاء الجامعة او نظمها او قرارات المجلس فإنه يجوز للمجلس بعد انذار الجامعة ومنحها مهلة لتلافي اسباب المخالفة اقتراح التدابير الكفيلة بإزالة اسباب المخالفة ومن بينها اقتراح ايقاف قبول طلاب جدد بالكليات المختلفة حتي يتم استيفاء جميع المعايير المعتمدة خلال عام دراسي واحد وفي حالة استحالة استمرار الجامعة في اداء مهامها التعليمية تتخذ اجراءات استصدار قرار من رئيس الجمهورية بإلغاء قرار إنشاء الجامعة بناء علي عرض الوزير وبعد موافقة مجلس الجامعات الخاصة علي ان تتضمن موافقة المجلس علي الإلغاء كيفية ادارة الجامعة منذ صدور قرار الإلغاء وحتي تخرج جميع الطلاب المقيدين بالجامعة. وتركت اللائحة ايضا اجراءات التأديب للوائح الجامعات الخاصة والأهلية علي ان تراعي القواعد والضمانات العامة وخاصة كفالة حق الدفاع, كماالزمت اللائحة الجامعات الخاصة بأن تبين وتحدد نظم الخدمات واللوائح الداخلية لجميع نظم الخدمات الطلابية بجميع أنواعها المختلفة. وحددت اللائحة ان يكون اغلب رأس مال الجامعة مملوكا لمصريين كما لاتجوز مزاولة نشاط الجامعة بعد صدور قرارات إنشائها إلا بعد استكمال مقوماتها البشرية والمادية.