قال الرئيس محمد مرسي في مؤتمر صحفي بالخرطوم مع الرئيس السوداني عمر البشير، إنه بالنسبة لدول حوض النيل والتعاون مع السودان، فنحن نتحرك منذ شهر يونيو الماضي نحو تنمية العلاقات مع الدول الإفريقية وما علق بهذه العلاقات كبوة مررنا بها. واستطرد: الآن نعيش في بناء علاقات قوية مع دول حوض النيل والسودان، ومتفقين على أن نعمل معا على أن تتوافق دول حوض النيل في المشروعات التي تقام على منابع النيل، بحيث لا يؤدي أي مشروع لضرر لأي دولة من دول النيل، وهناك قبول من دول حوض النيل لعودة مصر إليهم بالشكل الذي ترونه. جاء ذلك ردا على سؤال حول الخلافات حول مشروع سد الألفية الذي تقيمه إثيوبيا على منبع النيل، وتأثير ذلك على حصة السودان ومصر. من جانبه، قال الرئيس السوداني عمر البشير: "لدينا لجنة لحوارات مشتركة لدراسة سد الألفية بإثيوبيا، واللجنة الآن تعمل بجد بخاصة أنها تقول: إن هناك تأثيرات سلبية للسد، ونستطيع أن نتجاوز أي محاولات لخلق أزمة بين دول المنبع ودول المجرى والمصب.. واللجنة المشتركة بين مصر والسودان ستجتمع كل 6 أشهر وتتابع ما تم الاتفاق عليه، وستكون على مستوى الرئسين، ولدينا 28 لجنة على مستوى العلاقات بين الجانبين، ووجود الرئيسين على رأس اللجنة المشتركة أمر سيساعد على تطوير العلاقات.