رجح العميد فيليب أقوير الناطق الرسمي باسم الجيش الشعبي أن يتم تخيير أبناء الجنوب في القوات المسلحة السودانية، وكذلك أبناء الشمال في الجيش الشعبي، بين البقاء هنا أو هناك أو تسريحهم إذا حدث انفصال الجنوب نتيجة الاستفتاء. وقال أقوير "في مقابلة مع إذاعة السودان من جوبا" إن اتفاقية السلام الشامل وبروتوكول الترتيبات الأمنية نصا على أن يختار أبناء شمال السودان في الجيش الشعبي البقاء أو تسريحهم والذهاب إلى الشمال. ودعا إلى تكامل اقتصادي وعسكري وأمني بين الشمال والجنوب في حال حدوث الانفصال، قائلا إنه لا شىء يمنع من حدوث هذا التكامل واستثمار فرص السلام في فوائد مشتركة. وأكد أقوير عدم العودة إلى الحرب مرة أخرى بين الشمال والجنوب مهما كانت نتائج الاستفتاء، منوهًا بدور اللجان المشتركة وهيئة الدفاع المشترك في وقف التفلتات الأمنية.