رجح العميد فيليب أقوير الناطق الرسمي باسم الجيش الشعبي أن يخير أبناء الجنوب في القوات المسلحة السودانية وكذلك أبناء الشمال في الجيش الشعبي بين البقاء هنا أو هناك أو تسريحهم اذا حدث انفصال الجنوب نتيجة الاستفتاء . وقال أقوير إن إتفاقية السلام الشامل وبروتوكول الترتيبات الأمنية نصا على أن يختار أبناء شمال السودان في الجيش الشعبي البقاء أو تسريحهم والذهاب إلى الشمال . ودعا إلى تكامل اقتصادي وعسكري وأمني بين الشمال والجنوب في حال حدوث الإنفصال قائلا إنه لا شئ يمنع من حدوث هذا التكامل واستثمار فرص السلام في فوائد مشتركة . وأكد أقويرعدم العودة إلى الحرب مرة أخرى بين الشمال والجنوب مهما كانت نتائج الإستفتاء منوها بدور اللجان المشتركة وهيئة الدفاع المشترك في وقف التفلتات الأمنية.