رصدت غرفة عمليات مركز "ابن خلدون" لمراقبة عملية الاستفتاء بالمرحلة الثانية، العديد من الانتهاكات، مشيرًا إلى أن بطاقات التصويت مؤرخة بتاريخ المرحلة الأولى. وأشار الرى ظهور الورقة الدوارة، وما يسمى ب"الطوابير الدوارة"، ومنع المراقبين والإعلاميين من التصوير ودخول اللجان والاعتداء عليهم، وضم العديد من اللجان بسبب قلة القضاة فى كل المحافظات. ورصدت حدوث مشادة أمام لجنة مدرسة الصديق ببلطيم بسبب تواجد مصور تليفزيوني لقناة "النهار"، فاعتقد أعضاء التيار الشعبي أنه يتبع قناة "الجزيرة" فانقضوا عليه وحاولوا تكسير الكاميرا إلا أنه أبرز هويته، مؤكدا أنه يتبع قناة "النهار"، فاعتذروا له وتركوه يواصل عمله. رصدت غرفة العمليات بقنا حدوث مشادات بين القاضى أيمن عبدالستار وبعض الناخبات، بسبب إصرارهن على قيام الموظفة بالتأكد من وجوه الناخبات المنتقبات وذلك بلجنة 30 بالمعهد الدينى، وعدم وجود كشوف الناخبين أدى إلى تزاحم الناخبين أمام اللجان. رصدت غرفة عمليات ابن خلدون بمدرسة الثانوية القديمة ورقة دوارة تم ضبطها بمعرفة القاضى وسط تواجد كثيف لأعضاء التيار الإسلامى داخل اللجان. تم رصد بطاقة دوارة بلجنة 5 بمدرسة اللوزي بمحافظة دمياط، حيث يتقاضى الناخب قدرا من المال مقابلها، وأيضا بمدرسة شطا العزبي. كما رصدت غرفة عمليات ابن خلدون بلجان محافظة المنوفية وجود الطوابير الدوارة، حيث يقوم مجموعة من الإخوان والسلفيين بالوقوف فى أول الصفوف ومرور أنصارهم من الناخبين من أمامهم وذلك لمنع المصوتين بلا من الأدلاء بأصواتهم. تم رصد الطوابير الدوارة بحى الأربعين بمحافظة السويس وذلك لمنع الأقباط من التصويت. ورصدت غرفة العمليات بمدرسة أسامة بن اليزيد بشبرا الخيمة بمحافظة القليوبية حالات تزوير واضحة تمارسها مجموعة من السيدات المنتقبات باللجنة رقم 8 بالمدرسة، يأخذن بطاقات الاقتراع من السيدات كبار السن ويصوِّتن لهن ب"نعم"، على اعتبار أنهن يساعدنهن، مستغلات كبر سنهن وأميتهن.