شهدت الجلسة المسائية للجمعية التأسيسية لإعداد الدستور الجديد جدلا واسعا بين أعضاء الجمعية حول باب الهيئات المستقلة، والذى تضمن إنشاء هيئة عليا لشئون الوقف وهيئة عليا لحفظ التراث وهيئة مستقلة للإعلام والصحافة. بدأ الجدل في أثناء مناقشة إنشاء هيئة عليا لشئون الأوقاف عندما طالب الأنبا بولا ألا يخضع الوقف المسيحي لإشراف تلك الهيئة على أساس أن الأوقاف القبطية لها طابع خاص وتخضع لإشراف الجهاز المركزي للمحاسبات الذى يتولى مراقبته ماليا. وعقّب المستشار حسام الغرياني رئيس الجمعية أن الحديث عن الوقف يتعلق بالتأكد من شرط الواقف، وقال الدكتور محمد عمارة عضو الجمعية التاسيسية: "لابد من أن نكتفي الآن في الدستور بإعادة الوقف وأي مشكلات فيها نرجع فيها إلى القضاء، فالأوقاف في بلد مثل مصر تزيد عن نصف الأراضي الزراعية" وأشار إلى ضرورة إعادة الوقف كشكل من أشكال الملكية. على جانب آخر شهدت المادة الخاصة بإنشاء هيئة مستقلة للإعلام والصحافة يقوم فيه المجلس الوطنى للإعلام المسموع والمرئى على تنظيم شئون البث المسموع والمرئى والإشراف عليه فى حين يتولى مجلس وطنى آخر للصحافة تنظيم عمل الصحافة المطبوعة والرقمية وغيرها والإشراف عليها، ويعملان معا على ضمان حرية الإعلام بمختلف صوره وتطويره وتعدديته وتنوعه وعدم تركزه أو احتكاره وحماية مصالح الجمهور والتزام المؤسسات الإعلامية والصحفية بأصول المهنة وأخلاقها والحفاظ على اللغة العربية وقيم ومبادئ المجتمع. اعترض عدد من أعضاء الجمعية على فصل الإعلام المرئى عن المسموع مطالبين بإنشاء جهاز واحد يتولى الإشراف على الإعلام المرئى والصحفى خاصة بعد أن تبنت الجمعية إلغاء عقوبات الحبس على الصحفيين، مما يعنى ضرورة إيجاد جهة واحدة تتولى الإشراف على جميع وسائل الإعلام. على جانب آخر نفى المستشار الغريانى صدور أى قرار عن الجمعية بشأن إلغاء نسبة ال 50 % للفلاحين والعمال، مشيرًا إلى أن ما يثار حول هذا الموضوع مجرد آراء شخصية.