رصد البعثة المصرية لمراقبة الانتخابات الرئاسية وجود أسماء متوفين ضمن كشوف الناخبين ببعض المحافظات، منها محافظة الوادي الجديد. كما تم رصد تأخير وصول بعض أوراق الاقتراع، ورصد إشكالية تتعلق باستبدال الأوراق الخاصة بعملية التصويت ببعض اللجان بأخرى على سبيل الخطأ، مما أوقف عملية الاقتراع بتلك اللجان للتصحيح. رصد مراقبو البعثة توزيع مواد غذائية أمام بعض اللجان بمحافظة سوهاج، وتوجيه للناخبين بمحافظة الأقصر، بالإضافة إلى رصد عدد كبير من توزيع مواد دعائية أمام عدد كبير من اللجان في بعض المحافظات لأكثر من مرشح، منهم عمرو موسى، أحمد شفيق، حمدين صباحي، ونال النصيب الأكبر الدكتور محمد مرسي. رصد مراقبو البعثة اختلاف قرارات القضاة، فيما يتعلق بالسماح لمراقبي المجتمع المدني والحركات الشعبية المختلفة بالتواجد داخل اللجان الانتخابية، كما تم تجاوز القانون بمنع بعض وكلاء المرشحين من الدخول إلى الجان الانتخابية والقيام بعملهم، مما دفع بعض الوكلاء بتحرير محاضر لإثبات تلك الوقائع داخل أقسام الشرطة المختلفة. يذكر أن البعثة المصرية لمراقبة الانتخابات الرئاسية هي إحدى المبادرات الحقوقية الشعبية التي تهدف إلى مراقبة الانتخابات الرئاسية لعام 2012، بالمشاركة مع 26 منظمة حقوقية، وبالتعاون مع 150 شخصية عامة من البرلمانيين والحقوقيين والأدباء والفنانين والنقابيين وغيرهم.