أسست الجامعة الأمريكية بالقاهرة بالتعاون مع جامعة واترلو في كندا برنامج دكتوراه ثنائي في الهندسة، سيتمكن من خلاله طلاب الهندسة والعلوم من الدراسة في إحدى الجامعتين، والحصول على درجتين دكتوراه، واحدة من كل جامعة. قال الدكتور مهاب أنيس، أستاذ مساعد في الهندسة الإلكترونية في الجامعة الأمريكية ومنسق البرنامج إن البرنامج الجديد يقوم بتقليل تكلفة دراسة الدكتوراه للطلاب المصريين في جامعة رفيعة المستوى مثل "واترلو"، وسيساعد البرنامج الطالبات والطلاب الذين يعملون في مصر لاستكمال متطلبات شهاداتهم دون الحاجة إلى قضاء وقت طويل في الخارج." تقدم كلية العلوم والهندسة بالجامعة الأمريكية بالقاهرة برنامج دكتوراه متعدد التخصصات في الهندسة، والذي يتبع النهج الحديث من العلوم التجريبية والطبيعية والحياتية، مع تخصصات في الهندسة الميكانيكية، هندسة التشييد، هندسة الالكترونيات، الروبوتات، التحكم والأنظمة الذكية، وهندسة البيئة. ويقوم البرنامج الجديد مع جامعة "واترلو" بتعزيز تعرف الطلاب على أحدث التطورات في مجالات دراستهم مع مراعاة التزاماتهم في مصر. ومن المتوقع لهذا البرنامج جذب أفضل طلاب الدراسات العليا في مصر، حيث ترغب الجامعة الأمريكية في أن تصبح مركزا لأفضل طلاب الدراسات العليا، كما تهتم "واترلو" بجذب الطلاب المتفوقين لإجراء البحوث، وبذلك تكون المنفعة متبادلة. سيقضي الطلاب، الذين سيكونوا تحت إشراف أعضاء هيئة التدريس من الجامعة الأمريكية بالقاهرة وواترلو، ما لا يقل عن أربعة فصول دراسية في كل جامعة، وسيحصلون على شهادة التخرج من كلا المؤسستين. وستقوم المواد التي تم دراستها في إحدى المؤسستين بإتمام بمتطلبات الجهة الأخرى تلقائياً، وسوف تعقد مناقشة الرسالة مرة واحدة في إحدى المؤسستين. وقد وقعت الجامعة الأمريكية بالقاهرة على مذكرة تفاهم للتعاون التعليمي والعلمي مع جامعة واترلو، بما يشمل أنشطة البحوث المشتركة في المجالات العامة للهندسة، وتبادل وثائق التدريس والبحوث، وتبادل أعضاء هيئة التدريس الزائرين بالإضافة إلى المحاضرات والبحوث والمناقشات. وقال "أنيس" إن الاتفاق سيعزز نقل التكنولوجيا بين الجامعتين، فجامعة "واترلو" لديها سياسة ملكية فكرية سخية للغاية، تنص على أن خالق الفكرة يملك 100% منها، والذي يشجع الناس على أن تكون مبتكرة وتنشأ بشكل مستقل." تقوم الجامعة الأمريكية الآن بإنشاء حديقة التكنولوچيا التي ستكون بمثابة حاضنة للمشاريع القائمة على الأبحاث تشجيعاً للابتكار. ويوضح أنيس أن البرنامج الثنائي سيشجع مساعي البحوث التعاونية، والتي يمكن أن تكون بمثابة أساس بدء التشغيل التكنولوجي الجديد الذي من شأنه إثراء حديقة الجامعة الأمريكية بالقاهرة التكنولوجية.