رصدت غرف عمليات المنظمات الحقوقية التي تم إنشاؤها لمراقبة سير عمليات الاقتراع خلال المرحلة الثانية من الاستفتاء علي الدستور الكثير من المخالفات, واعتبرت أن تجاوزات ومخالفات المرحلة الأولي من الدستور تكررت وبقي كل شيء علي حالة, وأن التجاوزات تنوعت بين التصويت الجماعي ومنع الناخبين من الادلاء بأصواتهم في عدد من المحافظات علي يد عدد من المنتمين للتيارات الدينية. في المقابل اعتبر المجلس القومي لحقوق الانسان أن المخالفات التي وقعت نمطية ولم يكن لها تأثير علي عملية الاستفتاء, وأن المنظمات الحقوقية تعارض لمجرد المعارضة. إعاقة التصويت نهاد أبوالقمصان رئيسة مركز دعم المرأة اعتبرت أن تجاوزات المرحلة الأولي من الاستفتاء والتي تم رصدها تكررت خلال المرحلة الثانية من تصويت جماعي وإعاقة لجان من التصويت والدعاية بنعم داخل اللجان وتقديم رشاوي للناخبين عبارة عن موا غذائية, وتم رصد هذه التجاوزات في عدد كبير من المحافظات. وأضافت أبوالقمصان: تم منع عدد من المراقبين التابعين لمنظمات المجتمع المدني من دخول اللجان بطرق مختلفة منها اعاقة وصولهم إلي اللجان, كما رصدت غرفة العمليات داخل المركز منع السيدات من الادلاء بأصواتهن وتم تحرير محاضر بهذه الوقائع, وللأسف الشديد لم تتحرك اللجان العليا للانتخابات في التعامل مع هذه التجاوزات الخطيرة. محمد الدماطي رئيس غرفة العمليات بالمجلس القومي لحقوق الانسان اعتبر أن المخالفات التي وقعت نمطية ومقبولة ولايمكن أن تأثر علي سير عملية الاقتراع ومنها تأخر عدد من اللجان في فتح أبوابها أمام الناخبين كما حدث في عدد من اللجان بمحافظة قنا وتم ابلاغ اللجنة العليا للانتخابات بهذا ووعدت باتخاذ قرار سريع. كما تأخر فتح عدد من اللجان في محافظات أخري بسبب قطع الطريق وعدم وصول القضاة في المواعيد المحددة. وعن اتهام المجلس القومي لحقوق الانسان في التضييق علي المنظمات الحقوقية برفض منحهم تصاريح خلال المرحلة الثانية شدد الدماطي علي أن هذا لم يحدث وأنه تم منح02 ألف تصريح للمراقبة خلال المرحلة الثانية من الاستفتاء وبذلك يصبح عدد التصاريح التي خرجت من المجلس أكثر من05 ألف تصريح وكل من تقدم إلي المجلس وتنطبق عليه الشروط تم منحه التصريح: وعن منع ناخبين أقباط من الادلاء بأصواتهم في عدد من اللجان علي يد عدد من التيارات الدينية نفي الدماطي صحة هذه الوقائع مؤكدا أن هذا لم يحدث ولم تصل المجلس أي شكوي متعلقة بهذا الأمر. كما لم يتم منع أي مراقب من دخول اللجان. وعن عدم وجود أي رقابة دولية خلال المرحلة الثانية من الاستفتاء قال محمد الدماطي: اللجنة العليا للانتخابات هي صاحبة القرار في هذا الأمر والمجلس جهة لتلقي الشكاوي خلال الاستفتاء. المستشار محمود أبوشوشة عضو اللجنة العليا للانتخابات: أكد أن اللجنة لم ترصد مخالفات صارخة وجميع الشكاوي التي وصلت إلي اللجنة تم التعامل معها بجدية والعمل علي حلها فورا ولم يتم التغاضي عن أي شكوي, وأن اللجنة تعاملت بشفافة واضحة داخل اللجان علي مستوي ال71 محافظة التي يجري فيها الاستفتاء. وعن تأخر عدد من اللجان في فتح أبوابها أمام الناخبين شدد أبوشوشة علي أن هذا التأخير كان خارجا عن إرادة القضاة وهذا حدث في المحافظات النائية.