بحيرتا قارون والريان بالفيوم تتجاوز مساحتهما معاً نحو 90 ألف فدان، تعانيان مشكلة زيادة الملوحة وتلوث المياه واختلاطها بالصرف الزراعي والصحي خاصة في بحيرة قارون التي تعتبر بحيرة صناعية مغلقة، كانت مياهها عذبة قبل إدخال نظام الري المستديم في القرن التاسع عشر في عصر محمد علي باشا، فقد زادت درجة الملوحة إلي 12 ألف جزء في المليون ثم ارتفعت بشكل مضطرد عاماً بعد آخر حتي وصلت حالياً إلي ما يقرب من 35 ألف جزء في المليون، مما جعلها تتحول إلي مسطح مائي ملحي قريب من مياه البحار والمحيطات، نتيجة كونها بحيرة مغلقة وزيادة البخر واختلاط مياهها بالمبيدات الزراعية والمخلفات العضوية التي تؤدي إلي زيادة نسبة الأمونيا التي تدمر الثروة السمكية. يقول المهندس صلاح نادي مدير عام منطقة وادي النيل للثروة السمكية بالفيوم، إن التلوث وتراكم المواد العضوية أصبح يمثل خطورة كبيرة علي الثروة السمكية في بحيرة قارون، موضحاً أن إنتاج البحيرة من الأسماك كان يبلغ 4555 طنا سنوياً حتي نهاية عام 2014 ثم حدث انخفاض كبير وبشكل مفاجئ بسبب زيادة معدلات التلوث. ويري الدكتور جمال سامي، محافظ الفيوم أن المشكلة تتمثل في وجود مصرف «البطس» الذي يصب في البحيرة منذ سنوات طويلة، ولا يمكن إغلاقه كي لا تجف البحيرة والحل في أننا نقوم الآن بإنشاء محطات معالجة ثلاثية لمياه الصرف وبالتالي تدخل المياه للبحيرة بدون مواد صلبة أو صرف وحتي الآن أنجزنا 1.5 كيلو متر من 10 كيلو مترات ومن المتوقع أن ينتهي العمل به في عام 2018، وعملية تطوير البحيرة ستتكلف 10 مليارات جنيه، تم اعتماد مليارين منهم حتي الآن.