أمر النائب العام المستشار نبيل أحمد صادق، بإحالة 48 متهما إلى القضاء العسكري، لاتهامهم بتولى قيادة بجماعة (داعش) الإرهابية وتأسيس خليتين لها بمحافظتى القاهرة وقنا، والانضمام إليها والمشاركة فيها، وارتكابهم وقائع تفجير 3 كنائس هى البطرسية بالعباسية، والمرقسية بالإسكندرية ومارجرجس بالغربية وقتل والشروع فى قتل مرتاديها وقوات تأمينها والهجوم على كمين النقب وقتل عدد من القائمين عليه من قوات الشرطة والشروع فى قتل الباقين والاستيلاء على أسلحتهم وتصنيعهم وحيازتهم سترات وعبوات مفرقعة وأسلحة نارية وذخائر والالتحاق بتنظيم داعش الإرهابى خارج البلاد وتلقيهم تدريبات عسكرية بمعسكرات تابعة للتنظيم بدولتى ليبيا وسوريا. وكشفت تحقيقات نيابة أمن الدولة العليا تحت إشراف المستشار خالد ضياء الدين المحامى العام الأول لنيابات أمن الدولة العليا من خلال اعترافات المتهمين والمعاينات لمواقع الأحداث والأماكن المحيطة بها، والتقارير الفنية وتقارير مطابقة البصمات الوراثية عن أن الانتحارى محمود شفيق محمد مصطفى هو مرتكب واقعة تفجير الكنيسة البطرسية بالعباسية بتكليف من القيادى بالتنظيم مهاب مصطفى السيد قاسم، حيث حضر الانتحارى من محافظة شمال سيناء بعد أن نقله عضو التنظيم محمود حسن مبارك بسيارته وأقام بمسكن المتهم رامى محمد عبد الحميد عبد الغنى بمنطقة الزيتون بمحافظة القاهرة وبتاريخ 8 ديسمبر 2016 حضر إليه المتهمان عمرو سعد عباس ووليد أبو المجد عبد الله، بعد أن تسلما 3 سترات ناسفة من المتهمين عزت محمد حسن وحسام نبيل بدوي، وأقاما معه بذات المسكن، ثم قاموا برصد الكنيسة البطرسية ومحيطها يومى 9 و 10 ديسمبر 2016، وفى صباح يوم الأحد 11 ديسمبر2016 ارتدى الانتحارى سترة ناسفة واصطحبه المتهمان عمرو عباس ووليد أبو المجد بسيارة الأخير إلى مقر الكنيسة، فدخل إليه وفجر نفسه، مما أسفر عن مقتل 29 وإصابة 45 آخرين. وأجرت نيابة أمن الدولة العليا معاينة تصويرية لمسكن المتهم رامى عبد الحميد الذى ضبط فيه سترتان مفرقعتان كالمستخدمة فى تفجير الكنيسة البطرسية، كما عثرت على ملابس وآثار بيولوجية ثبت من فحص البصمة الوراثية لها تطابقها مع البصمة الوراثية لأشلاء الإرهابى محمود شفيق محمد مصطفى التى عثر عليها بموقع الانفجار بالكنيسة البطرسية. ومن ناحية أخري، فقد أسفرت التحقيقات الخاصة بحادث الاعتداء على كمين النقب بطريق الخارجة أسيوط بمحافظة الوادى الجديد، والذى تم بتاريخ 16 يناير 2017، بتكليف من القياديين عزت محمد حسن وعمرو سعد عباس، بعد أن قاما برصد (الكمين) ووقفا على طرق الوصول إليه والخروج منه والمناطق المحيطة به وأوجه تأمينه والقائمين عليه من القوات، عن توجه 13 عنصرا من عناصر الجماعة الإرهابية صوب الكمين بواسطة 4 سيارات «دفع رباعي»، مقسمين إلى 4 مجموعات، 3 للاقتحام والرابعة للدعم ونقل المصابين، محرزين بنادق آلية ومدافع رشاشة ثقيلة محمولة على السيارات، وكذا عبوات مفرقعات وقاذفات ( آر بى جى ) حيث باغتوا أفراد قوة الكمين بوابل من الأعيرة النارية من أسلحتهم الآلية، مستهدفين أبراج مراقبته، وقاموا بزرع عبوات مفرقعة بمبانيه، وأسفر الهجوم عن مقتل ضابط و 7 مجندين وإصابة 3 آخرين والاستيلاء على بعض الأسلحة والمهمات. كما أكدت تحقيقات نيابة أمن الدولة العليا إصدار المتهمين عزت محمد حسن وعمرو سعد عباس، تكليفات باستهداف كنيسة مار جرجس بطنطا بمحافظة الغربية وتحريضهما الانتحارى ممدوح أمين محمد بغدادي، أحد المشاركين بواقعة مهاجمة كمين النقب على تفجير الكنيسة بواسطة سترة ناسفة، وفى صباح 9 أبريل الماضي، ارتدى الانتحارى السترة الناسفة وركب سيارة المتهم حسام نبيل بدوى حامد ، الذى نقله إلى مكان بالقرب من الكنيسة، حيث توجه الانتحارى مترجلا وما أن دخل إلى مكان إقامة الصلوات بداخلها، قام بتفجير نفسه مما أسفر عن مقتل 28 وإصابة 76 آخرين. وذكرت التحقيقات أنه بذات التاريخ 9 أبريل 2017 ، وبناء على تكليف المتهمين عزت محمد حسن وعمرو سعد عباس للانتحارى محمود حسن مبارك عبدالله، أحد المشاركين فى واقعتى تفجير الكنيسة البطرسية ومهاجمة كمين النقب، بتفجير الكنيسة المرقسية بمحافظة الإسكندرية، حيث ارتدى الانتحارى سترة ناسفة وتوجه بصحبة المتهم حسام نبيل بدوى حامد بسيارة الأخير سالفة البيان إلى الإسكندرية، حيث ترجل على مقربة من الكنيسة وتوجه للدخول إلى مبناها، وحاول الدخول إليها من غير المكان المخصص لذلك تفاديا للمرور من بوابة كشف المفرقعات، فاستوقفه فرد أمن الكنيسة وأمره بالمرور من خلالها، حيث تم استيقافه بمعرفة قوات تأمين الكنيسة حال مروره منها، فقام بتفجير نفسه، مما نتج عنه وفاة 18 شخصا وإصابة 45 آخرين. وقد اشتملت تحقيقات نيابة أمن الدولة العليا على اعترافات تفصيلية لعدد 21 متهما من إجمالى المتهمين المقبوض عليهم، وعددهم 31 متهما.. وأمر النائب العام بإلقاء القبض على المتهمين الهاربين وعددهم 17 من أعضاء التنظيم الإرهابي، وتكليف الجهات الأمنية بسرعة تنفيذه.
