أمر النائب العام المستشار نبيل أحمد صادق بإحالة 48 متهما إلى القضاء العسكري لاتهامهم بتولى قيادة أحد التنظيمات التابعة لجماعة داعش الإرهابية وتأسيس خليتين لها بمحافظتى القاهرة وقنا والانضمام إليها والمشاركة فيها، وارتكابهم وقائع تفجير الكنائس الثلاث البطرسية بالعباسية ومارجرجس بالغربية والمرقسية بالإسكندرية، وقتل والشروع في قتل مرتاديها وقوات تأمينها، والهجوم على كمين النقب، وقتل عدد من القائمين عليه من قوات الشرطة والشروع فى قتل الباقين والاستيلاء على أسلحتهم وتصنيعهم وحيازتهم سترات عبوات ومفرقعات وأسلحة نارية وذخائر والالتحاق بتنظيم داعش الإرهابي خارج البلاد وتلقيهم تدريبات عسكرية بمعسكرات تابعة للتنظيم بدولتى ليبيا وسوريا. وكشفت تحقيقات نيابة أمن الدولة العليا من خلال اعترافات المتهمين والمعاينات لمواقع الأحداث والأماكن المحيطة بها والتقارير الفنية وتقارير مطابقة البصمات الوراثية، أن الانتحارى محمود شفيق محمد مصطفى هو مرتكب واقعة تفجير الكنيسة البطرسية بالعباسية بتكليف من القيادى بالتنظيم مهاب مصطفى السيد قاسم، حيث حضر من محافظة شمال سيناء بعد أن نقله عضو التنظيم محمود حسن مبارك بسيارته ماركة هيونداى فيرنا، وأقام بمسكن المتهم رامي محمد عبد الحميد عبد الغنى بمنطقة الزيتون بمحافظة القاهرة، وبتاريخ 8/12/2016 حضر إليه المتهمان عمرو سعد عباس ووليد أبو المجد عبد الله بعد أن تسلما ثلاث عبوات ناسفة من المتهمين عزت محمد حسن وحسام نبيل بدرى، وأقاما معه بذات المسكن ثم قاما برصد الكنيسة البطرسية ومحيطها يومي 9 و10 و11 ديسمبر. وفي صباح يوم الأحد 11 ديسمبر ارتدى الانتحاري البدلة الناسفة واصطحبه المتهمان عمرو سعد ووليد أبو المجد عبد الله بسيارة الأخير إلى مقر الكنيسة فدلف إليها وفجر نفسه، ما أسفر عن مقتل تسعة وعشرين وإصابة خمسة وأربعين آخرين. من جانبها، أجرت نيابة أمن الدولة معاينة تصويرية لمسكن المتهم رامي عبد الحميد الذى ضبطت فيه سترتين مفرقعتين مثل المستخدمة فى تفجير الكنيسة البطرسية، كما عثر على ملابس وآثار بيولوجية ثبت من الفحص للبصمة الوراثية لها تطابقها مع البصمة الوراثية لأشلاء الإرهابي محمود شفيق المعثور عليها بموقع الانفجار بالكنيسة البطرسية. وأسفرت التحقيقات الخاصة بحادث الاعتداء على كمين النقب بطريق الخارجية بأسيوط بمحافظة الوادى الجديد والذى تم بتاريخ 16/1/2017 بتكليف من القياديين عزت محمد حسن وعمرو سعد عباس بعد أن رصداه ووقفا على طرق الوصول إليه والخروج منه والمناطق المحيطة به وأوجه تأمينه والقائمين عليه من القوات، فتوجه ثلاثة عشر عنصرا من عناصر الجماعة الإرهابية صوب الكمين بواسطة أربع سيارات دفع رباعي مقسمين لأربع مجموعات ثلاثة للاقتحام والرابعة للدعم ونقل المصابين محرزين بنادق آلية ومدافع رشاشة ملقمة محمولة على سيارات وكذا عبوات مفرقعة وقاذفات آر بي جي، حيث باغتوا أفراد قوة الكمين بوابل من الأعيرة النارية من أسلحتهم الآلية مستهدفين أبراج مراقبته وقاموا بزرع عبوات مفرقعة بمباني الكمين، وأسفر الهجوم عن مقتل ضابط وسبعة مجندين وإصابة ثلاثة آخرين والاستيلاء على بعض الأسلحة والمهمات. كما أكدت تحقيقات نيابة أمن الدولة العليا إصدار المتهمين عزت محمد حسن وعمرو سعد عباس تكليفات باستهداف كنيسة ماري جرجس بمحافظة الغربية وتحريضهما الانتحاري ممدوح أمين البغدادى، أحد المشاركين بواقعة مهاجمة كمين النقب، على تفجير الكنيسة بواسطة سترة ناسفة، وبصباح 9/4/2017 ارتدى الانتحاري السترة الناسفة واستقل سيارة المتهم حسام نبيل بدوي حامد والذي نقله لمكان بالقرب من الكنيسة، حيث توجه الانتحاري مترجلا تلقائها، وما إن دلف إلى المكان الخاص بإقامة الصلوات بداخلها قام بتفجير نفسه، ما أسفر عن مقتل ثمانية وعشرين وإصابة ستة وسبعين آخرين. وبذات التاريخ وبناءً على تكليف المتهمين عزت محمد حسن وعمرو سعد عباس للانتحارى محمود حسين مبارك عبد الله، أحد المشاركين بواقعتي تفجير الكنيسة البطرسية ومهاجمي كمين النقب بتفجير الكنيسة المرقسية بمحافظة الإسكندرية، حيث ارتدى الانتحارى سترة ناسفة وتوجه بصحبة المتهم حسام نبيل بدوي حامد بسيارة الأخير سالفة البيان إلى الإسكندرية، حيث ترجل على مقربة من الكنيسة وتوجه للدخول إلى مبناها وحاول الدخول إليها من غير المكان المخصص لذلك تفاديا للمرور من بوابة كشف المفرقعات، فاستوقفه فرد أمن الكنيسة وأمره بالمرور من خلالها، حيث تم استيقافه بمعرفة قوات تأمين الكنيسة حال مروره منها، فقام بتفجير نفسه، ما نتج عنه وفاة ثمانية عشر شخصا وإصابة خمسة وأربعين آخرين. وقد اشتملت تحقيقات نيابة أمن الدولة العليا على اعترافات تفصيلية لواحد وعشرين متهما من إجمالي المتهمين المقبوض عليهم وعددهم واحد وثلاثين، وأمر النائب العام بإلقاء القبض على المتهمين الهاربين وعددهم سبعة عشر من أعضاء التنظيم الإرهابي وتكليف الجهات الأمنية بسرعة التنفيذ.
