أثار حادث الطائرة المصرية العديد من التساؤلات والاستفسارات لدى الرأى العام المصرى والعالمى أيضا ورغم كل الافتراضات والسيناريوهات والنظريات التى صدرت ممن تحدثوا حول الحادث سواء كانوا خبراء فى تحقيق حوادث الطائرات أو من غير المتخصصين والذين أسهب بعضهم فى شرح كيفية وتحديد أسباب سقوط الطائرة المصرية دون انتظار لمعلومات مؤكدة أو دون الاستناد الى أدلة علمية فى مجال الطيران.. وهنا لابد أن نشير بداية الى أن تحقيقات حوادث الطائرات تأخذ وقتا طويلا يستغرق شهورا طويلة بل وسنوات أيضا حتى بعد العثور على الصندوقين الأسودين مالم تكن هناك معلومات أو تسجيلات فى بيانات الصندوقين توضح ودون لبس اسباب الحادث لأن معظم حوادث الطائرات يصعب فيها حتى مجرد العثور على جسم الطائرة التى تحطمت, وكذلك اشلاء الضحايا والصندوقين الأسودين للطائرة مثلما هو الحال فى الطائرة المصرية وحتى بعد العثور على كل ذلك فإن هناك مراحل عديدة للتحقيق بدءا من جمع المعلومات وفحص كل الوثائق المتعلقة بالطائرة وطاقمها وصولا الى تدقيق المعلومات وتجميع اجزاء الحطام لإعادة رسم هيكل الطائرة وتحليل الحطام فى معامل للفلزات لمعرفة اسباب التحطم وتحليل اشلاء الضحايا وكذلك تفريغ بيانات الصندوقين الاسودين سواء الصوتية او بيانات اداء أجهزة الطائرة واللذين يمكن أن يحلا لغز الحادث وهذه فى حد ذاتها قد تجد أجهزة التحقيق صعوبة فى تفريغها اذا ما تعرض الصندوقان للتلف ثم تلا ذلك مرحلة تحليل البيانات وهذه تستغرق وقتا طويلا جدا لتبدأ مراحل أخرى... ومن هنا لابد أن نعرف أن التحقيق فى حوادث الطيران يأخذ وقتا طويلا حتى فى حالة العثور على كل ما يتعلق بالطائرة الأمر الآخر الذى نلفت النظر اليه هو أن نسبة غير قليلة من تحقيقات حوادث الطائرات لا تصل بعد وقت طويل من التحقيقات الى أسباب محددة للحادث وهنا فإن التقرير النهائى للحادث يمكن أن يتضمن عبارات مثل الأسباب المحتملة للحادث دون الجزم بأن هذه الأسباب كانت وراءه.. الحادث ايضا اثار الحديث عن صعوبة البحث عن الصندوقين الأسودين بعد حوادث الطائرات وخاصة فى ظل ظروف الطائرة المصرية وسقوطها فى مياه البحر المتوسط حيث تسابق أجهزة البحث الزمن للوصول الى مكانهما قبل مرور شهر على الحادث نظرا لأن الاشارات التى تصدر منها الآن ستتوقف بعد شهر من وقوع الحادث وهنا كانت هناك تساؤلات من جانب العديد من الخبراء بل وطرحها بعض المهتمين بالحادث من غير المتخصصين.. وهى لماذا لا تتمكن شركات صناعة الطائرات من إدخال تكنولوجيا حديثة بالطائرة تتيح إمكانية ارسال بيانات الطائرة والتى يتم تسجيلها بالصندوقين الأسودين الى الشركة الصانعة وهنا نقول بداية أنه بالنسبة للصندوق الخاص بتسجيل المحادثات داخل كابينة القيادة (CVR) لا يمكن السماح بنقل هذه التسجيلات الصوتية عبر الاقمار الصناعية لأن ذلك يمثل انتهاكا للخصوصية داخل كابينة قيادة الطائرة ولن تسمح به قوانين الطيران الحالية.. ولكن بالنسبة لصندوق بيانات الطائرة (FDR) والذى يسجل كل البيانات الخاصة بأداء أجهزة الطائرة طوال الرحلة فهذا يمكن بالفعل تطوير الأنظمة التكنولوجية بالطائرات بما يسمح فى المستقبل بإمكانية نقل هذه البيانات من هذا الصندوق مباشرة عبر الأقمار الصناعية الى الشركة الصانعة وشركة الطيران دون انتظار للعثور على الصندوقين الأسودين وتحليل بياناته ولكن خبراء تكنولوجيا الطيران يرون صعوبة تطبيق ذلك على الجيل الحالى للطائرات ولكن يمكن أن يتم على الجيل الجديد التى سيتم تصنيعها.