وافق مجلس جامعة الأزهر علي تخصيص ميزانية خاصة لكل من فرعي الجامعة بطنطا وأسيوط بدءا من العام الجامعي2013/.2014 صرح بذلك الدكتور إسماعيل شاهين نائب رئيس الجامعة لفرع طنطا, مشيرا إلي أن هذه الميزانية ستكون خصما من الميزانية العامة للجامعة. وقال إن هذا القرار يمكن نواب الفروع من القيام بدورهم علي أكمل وجه, حيث إنه في ظل عدم وجود ميزانية مستقلة تكون يد نائب الفرع مغلولة وعاجزا عن حل كثير من المشكلات وتفعيل العديد من القرارات, رغم أنه يحمل صلاحيات رئيس الجامعة الإدارية والقانونية. وأوضح أن هذه الخطوة تعد تتمة لقرار سابق بمنح جميع صلاحيات رئيس الجامعة الإدارية والقانونية لنواب الفروع, وبذلك يمكن التخلص من الروتين والتعقيدات التي كان يشكو منها الطلاب والموظفون وأعضاء هيئة التدريس بالفروع دونما الحاجة للرجوع إلي رئيس الجامعة.