دخل اتفاق الصخيرات مرحلة الأزمة، بعد أن تمسك رئيسا البرلمانين الليبيين فى كل من طبرق وطرابلس بموقفيهما، بعد أن بعث عقيلة صالح رئيس مجلس النواب الليبي، ونورى أبوسهمين، رئيس المؤتمر الوطنى العام الليبى «المنتهية ولايته»، رسالة إلى بعثة الأممالمتحدة، أكدا فيها رفضهما الاتفاق السياسي.