عانت الكنيسة كثيرا فى عهد حكم الاخوان،وعندما انتفض الشعب فى 30 يونيو ضد الفاشية الدينية كان الاقباط فى مقدمه المشهد الوطنى وعندما تقدم السيسى للمواجهة ، راهن عليه الأقباط ليكون رئيسآ لكل المصريين ويعيد مفهوم المواطنة الغائبة ، فكان رهانا رابحا. وقد كان واضحًا من كلمات الرئيس عبدالفتاح السيسى، التى سطر بها المشهد الأخير فى حكم جماعة الإخوان الإرهابية، فى 3 يوليو، أن مصر على مشارف عهد جديد، وقف السيسى الذى كان وزيرًا للدفاع آنذاك وبجواره الإمام الأكبر الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر، وقداسة البابا تواضروس بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، فى مشهد يدل على أن مصر لا يمكن أن تتقدم إلا بعنصرى الأمة. ويوماً تلو الآخر، دخلت مصر فى عهد رئيس حرص على أن يكون حاضرًا ممثلا عن الأزهر والكنيسة فى كافة المناسبات الرسمية وغير الرسمية، وفى أول عيد للأقباط بعد توليه سدة الحكم ، كان السيسى حاضراً فى زيارة إلى الكاتدرائية، وصفت حينها ب"التاريخية"، خاطب خلالها جموع الشعب المصرى، موجهاً التهنئة لشعب مصر بمناسبة عيد الميلاد المجيد. وفى أوقات المحن، لم يتردد الرئيس عبدالفتاح السيسى فى الثأر لدماء أبنائه، وأمر بشن ضربات جوية ضد معاقل تنظيم داعش داخل الأراضى الليبية، رداً على قتل عصابات التنظيم الإرهابى 21 مصرياً فى محاولة للتفرقة بين المسلمين والأقباط وبث الذعر فى نفوس الشعب المصرى. كان رد الرئيس الرئيس آنذاك دليلاً على أن الدم المصرى لم يعد رخيصاً، سواء كان مسلماً أم قبطياً، ليحبط كل مخططات إشعال الفتنة، ويؤكد تمسك مصر بالمساواة والمواطنة، ويؤكد بما لا يدع مجالاً لشك أنه رئيس لكل المصريين. وبعد ان ثأر لدماء المصريين فى ليبيا ذهب للعزاء بالكاتدرائية. فى عصر الرئيس السيسى بدأ السير نحو تحقيق الوحدة الوطنية ولمست الكنيسة المصرية سعى الدولة وحرصها على كفالة حقوق المواطن المصرى بعيدا عن الدين والعرق، لكن فى الوقت نفسه، من الصعب الوصول إلى هذا الحلم فى صورته الكاملة إلا بعد وصول الدولة إلى مرحلة الاستقرار والتخلص من كافة المخاطر التى تهدد أمن وأمان الدولة داخل وخارج الحدود . ومن أهم الخطوات التى اتخذها الرئيس "السيسى" نحو العدالة الاجتماعية ومشاركة الكنيسة كعضو فعال وعامل فى الحراك الاجتماعى هو سرعة الدولة لأول مرة فى تغيير نظامها سواء على مستوى الخطاب أو اللهجة التى يتحدث بها الرؤساء بعيدا عن تعبيرات الإخوة الأقباط، أو الإخوة المسيحيين والمسلمين وغير ذلك، واستبدال كل هذه التعبيرات بكلمة واحدة أعمق وأهم وهى المصريون . لقد نجحت الكنيسة مع البابا تواضروس الثانى فى نقل مشاكل الاقباط الى حضن الوطن الواسع بعيدا عن أسوار الكنيسة الضيقة ، ونجح السيسى فى إعادة مفهوم المواطنة لكل المصريين .