بجانب الانجازات العديدة للبابا شنودة ودوره الكبير الذي قام به لنهضة الكنيسة القبطية واعلاء شأنها في انحاء العالم, والسياسة الحكيمة التي اتبعها من أجل مد جسور الوحدة الوطنية والتعاون البناء بين ابناء الوطن الواحد.. يجيء دور الكنيسة القبطية في الخارج إبان عهده خاصة في إفريقيا ليظهر للعيان بوضوح, وذلك علي مدي العقود الأربعة الماضية التي اعتلي فيها البابا كرسي البابوية في 14 نوفمبر 1971 وحتي17 مارس 2012 ونمي خلالها الدور المتواصل والمتنوع للكنيسة القبطية في إفريقيا. وهذا وقد نبعت اهمية دراسة دور الكنيسة القبطية في افريقيا في عهد البابا شنودة الثالث من عدة محاور فهي من جهة اقدم كنيسة في القارة ثم إن علاقاتها في القارة, متشعبة, فهي تتعامل مع حكومات الدول الافريقية ومع شعوبها وهي تقيم شبكة من العلاقات مع مجموعة من المؤسسات الكنسية العالمية والاقليمية ذات الصلة الوثيقة بافريقيا كما تقوم بدور فعال فيها لايقتصر علي الجانب الديني لكنه يتعداه الي مجموعة من الادوار السياسية الثقافية التعليمية التنموية وتربط ايضا بين العمل الروحي والعمل الاجتماعي, في اطار فلسفة عملية من الممكن لو احسن استغلالها ان تمثل احدي ادوات التأثير المهمة لمصر في المحيط الافريقي ولو بطريق غير مباشر او بعيد المدي. امتدت علاقة الكنيسة القبطية بافريقيا في عهده علي ثلاثة مستويات, أولا علي مستوي الدول, ثانيا علي المستوي التنظيمي, ثالثا علي المستوي الشعبي, فبالنسبة للدول توجد علاقة الكنيسة القبطية بدول القارة الافريقية سواء التاريخية (الذي بقي منها أو اندثر) والمعاصر الذي امتدت اليه خدمة الكنيسة القبطية في وقتنا الحاضر وقد اصبح للكنيسة القبطية في عهده ايبارشيتان في افريقيا جنوبي الصحراء احداهما في نيروبي والاخري في جوهانسبرج يترأسهما اسقفان قبطيان وتضمان اكثر من 40 كنيسة بجانب الاديرة ومراكز التنمية والتدريب المهني والحضانات والمراكز الطبية التي تقوم بخدمات جليلة للافارقة. اما بالنسبة للمستوي التنظيمي فقد زادت علاقة الكنيسة القبطية وتعاظم دورها في عهده مع الكنائس الإفريقية المستقلة والمتشعبة في دول القارة لما لها من كيان متميز وشخصية غير تابعة لاي كنيسة غربية, ومن توافق وانسجام مع الكنيسة المصرية الام التي كان لها الفضل في تأسيس منظمة الكنائس الافريقية المستقلة, وعقد اول اجتماع لهم بالقاهرة عام 1979 ومحاولة تقريب الفروق ووجهات النظر بين الكنيسة القبطية وهذا التجمع الكنسي التنظيمي المهم في القارة. اما المحك الثالث لتفاعل علاقة الكنيسة القبطية مع افريقيا فتمثل في الزيارات الرعوية التي قام بها البابا/ شنودة الثالث, حيث زار افريقيا اكثر من 10 مرات اخيرا فيما يخص ابعاد الدور الذي قامت به الكنيسة في عهده, حيث تنامت ثلاثة انماط اساسية من الادوار الدور السياسي للكنيسة القبطية في افريقيا الدور الاجتماعي والتنموي لها ثم الدور الثقافي والتعليمي سواء الديني او المدني, وبجانب الفكر او الممارسة, بالنسبة للنمط الاول تم التركيز علي دور الكنيسة القبطية في اقرار السلام في افريقيا, ثم تناول المواقف الوطنية الحديثة والمعاصرة للكنيسة الوطنية في افريقيا. اما النمط الثالث من الادوار, وهو الدور الثقافي والتعليمي فنجد ان للكنيسة القبطية في عهده بصمات ثقافية وتعليمية واضحة دينية ومدنية علي ابناء القارة لقد استطاع البابا شنودة ان يرسخ عقائد رئيسية اهمها: ان الكنيسة القبطية هي كنيسة الوطن كنيسة الشعب وكل المصريين (مسيحيين ومسلمين) وانها عندما تقوم بدور في الخارج فهو دور مهم جدا لمصر وعنصر توازن في سياستها الخارجية ومكمل لدور الأزهر الشريف.