أدان الدكتور محمد بديع، المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين، الاعتداء على مسجد القائد إبراهيم، وعلى الشيخ أحمد المحلاوى، قائلا: "نحن ندين العدوان الغاشم الأثيم الذى وقع فى الإسكندرية على بيتٍ من بيوت الله مسجد القائد إبراهيم، فى ظاهرة منكرة غريبة وسابقة على الشعب المصرى كله، الذى يحترم دور العبادة وعلماء الدين، وعلى شيخٍ جليل هو رمز من رموز الثورة يشهد له هذا المسجد"، مطالبا الشعب المصرى بأن يلفظ هذه الفئة المجرمة من بين صفوفه. وأضاف بديع عبر حسابه الشخصى على موقع التواصل الاجتماعى "فيس بوك"، أن ميدان القائد إبراهيم لا يقل عن ميدان التحرير مشاركةً فى الثورة بالمواقف الصادقة الوطنية، والتى نسأل الله أن يتقبلها منه ومنا ومن الجميع، (ومَنْ أَظْلَمُ مِمَّن مَّنَعَ مَسَاجِدَ اللَّهِ أَن يُذْكَرَ فِيهَا اسْمُهُ وسَعَى فِي خَرَابِهَا). وشدد بديع على إدانته للعدوان الذى وقع على مقر حزب الوفد أيًّا كان الفاعل، مطالبا السلطات بضرورة تقديم مَن قام بهذا العدوان فى الحالتين إلى النيابة، والمحاكمة حتى يلقى جزاءه العادل.