رصدت وزارة البيئة أهم أسباب تلوث نهر النيل والجهود التى تقوم بها لتحسين نوعية المياه، وذلك بمتابعة المنشآت الصناعية التى تصرف على نهر النيل، حيث تم رصد 116 منشأة صناعية تقوم بالصرف المباشر وغير المباشر على النيل، وأنه تم إيقاف 92 منشأة تقوم بالصرف الصناعى الملوث، سواء عن طريق غلق مخارج الصرف أو توفيق الأوضاع البيئية، ويتم حالياً توفيق أوضاع 24 منشأة قامت بتقديم خطة توفيق أوضاع. وفى مجال الصرف الصحى تم إعداد قائمة بأولويات القرى المحرومة والتى بلغ عددها 219 قرية، كما تم إعداد بيان موحد ل1165 قرية يشمل رؤية وزارات الإسكان والمرافق، الموارد المائية والرى، الصحة والسكان والبيئة بهدف وضع خطة لإنشاء محطات لمعالجة الصرف الصحى بها. هذا وقد حددت وزارة البيئة ثلاثة محاور رئيسية لتحسين نوعية مياه نهر النيل، أهمها وقف الصرف الصناعى والصرف الصحى غير المعالج مباشرة على نهر النيل أو على المجارى المائية المؤدية إليه، إلى جانب تكثيف جهود الرصد الدورى لمراقبة تغير نوعية المياه.