اعتبرت جماعة الإخوان المسلمين بكل مؤسساتها، أن الحكم الصادر من المحكمة العسكرية بحبس مجدى أحمد حسين– أمين عام حزب العمل– بالحبس عامين، بداية جديدة للتخلص من المعارضين تحت غطاء المحاكمات العسكرية، ووصف المرشد العام وقيادات الجماعة وأعضاء الكتلة البرلمانية الحكم بأنه تصفية حسابات سياسية وبعيد عن الحرية والقانون. وأكد مهدى عاكف المرشد العام لجماعة الإخوان، أن الحكم ضد مجدى حسين خارج القانون وبعيد عن مبادئ المواطنة ولا يحترم الإنسان ولا القانون ولا الحرية ولا أى شىء من المبادئ الإنسانية أو الديمقراطية. وذكر عاكف أن حسين ليس الأول ولن يكون الأخير، فخلافا للمحاكمات التى تمت بدون وجه حق – حسب قوله – ضد القيادات فى الجماعة، وفى مقدمتهم خيرت الشاطر، فإن الإخوان دفعوا ثمنا لرفضهم أسلوب الحكومة فى إدارة أزمة العدوان الإسرائيلى ضد شعب غزة 1200معتقلا. بينما وصف د.عصام العريان، رئيس المكتب السياسى بالجماعة، الحكم بأنه إيذان بحرب جديدة بإشهار سيف المحاكمات العسكرية ليس ضد الإرهاب ولا الجرائم الكبرى التى تمس أمن مصر ومكانتها، بل أصبح أسلوبا فى تصفية الحسابات السياسية وإقصاء النظام لمعارضة هذه المحاكمات، وقال العريان "مجدى حسين لم يرتكب جريمة جنائية ولم يرتكب خطأ كبيرا ليصدر ضده مثل هذا الحكم"، وربط العريان بين الحكم بأسلوب الإدارة المصرية فى إدارة ملف السياسة الخارجية مع التخلص من جميع من يواجه النظام أو يعارضه معارضة حقيقية. فيما أصدرت الكتلة البرلمانية للإخوان بيانا ناشدت فيه الرئيس مبارك باستخدام صلاحياته والإفراج عن حسين وأحمد أبو دومة وكل المحبوسين من المدنيين على ذمة محاكمة عسكرية. وقال بيان الكتلة إنهم يرفضون رسائل التهديد التى يرسلها النظام إلى المعارضين ويطالبون بالتمسك بثوابت الممارسة الديمقراطية وحق الشعب فى التعبير عبر الوسائل المشروعة، وشددوا على ضرورة وقف الإجراءات الاستثنائية وعلى رأسها المحاكمات العسكرية للمدنيين.