أكدت اللجنة المستقلة لتقصى الحقائق فى أحداث ما بعد 30 يونيو، فى رصدها لملف معاملة المحبوسين والسجناء، أنه لا توجد حالة اعتقال إدارى واحدة، وأن جميع النزلاء صدرت بشأنهم أوامر حبس وأحكام من السلطة القضائية. وأشارت اللجنة فى تقريرها، إلى عدم وجود تعذيب بالسجون، وأن بعض المتهمين تعرضوا للتعدى أثناء القبض عليهم وفى الأقسام وأثناء الترحيل إلى السجن فقط. وفيما يتعلق بحالات الإضراب عن الطعام داخل السجون، قالت اللجنة "حالة المضربين عن الطعام مستقرة ووظائف الجسم الحيوية فى حدود معدلاتها الطبيعية حسب التقارير الطبية من أطباء السجون أو المستشفى الجامعى (قصر العينى)". وأوضحت اللجنة، أن حالة وفاة النزيل محمد عبد الله إسماعيل، وأحداث الشغب بليمان وادى النطرون مازالت قيد تحقيق وتصرف النيابة العامة. وطالب إسكندر غطاس، نائب رئيس اللجنة بسرعة إنشاء المفوضية المستقلة لمنع التمويل والحض على الكراهية التى نص عليها الدستور، فضلا عن إعادة النظر فى تأسيس مفوضية مستقلة لمكافحة الفساد والتى سبق أن نص عليها دستور 2012 امتثالا لمبدأ مكافحة الفساد. ودعا نائب رئيس لجنة تقصى حقائق 30 يونيو، فى المؤتمر إلى تأسيس مرصد لتعزيز احترام حقوق الإنسان فى سياق مكافحة الإرهاب، على أن يكون دوره تنبيه أجهزة الدولة إلى الأعراض الجانبية لمكافحة الإرهاب ويقترح الإجراءات المناسبة لتلافى تلك الأعراض، وأن يتبع الأمانة العامة لمجلس الدفاع الوطنى أو أمانة مجلس الوزراء أو مجلس الأمن القومى. ورد المستشار عمر مروان، المتحدث باسم اللجنة لمستقلة لتقصى الحقائق فى أحداث ما بعد 30 يونيو، على سؤال حول سبب عدم وجود ممثل للإخوان المسلمين أثناء إعلان تقرير اللجنة، "لقد قلنا أن الدعوة عامة لمن يشاء". وتابع مروان "الإخوان ترفض التعاون مع اللجنة، وإن كان هناك عدد محدود تعاون مع اللجنة فى بداية معلها، إلا أنه عندما طالبتهم اللجنة بتقديم ما يثبت أقوالهم ذهبوا ولم يعودوا".
