وقف الدكتور مصطفى محمود في كثير من كتاباته أمام كلمة "هيرم خوفو"، والتي تعني بالهيروغليفية "الله جل جلاله" ليثبت أنها لاتعني في الحقيقة أن الملك خوفو صاحب الهرم الأكبر، لأن سيرته ووضعه الملكي كان أضعف من تأليهه ونسب الهرم له بعد موته. وفي إحدى حلقات برنامجه الشهير العلم والإيمان، شرح عن يقين أن الحضارة الفرعونية لم تكن وثنية أو تعددية التعبد رغم تضارب فكرة تعدد الآلهة وعددهم في الحضارة المصرية القديمة بين 2800 إلى 1250 إلهًا، مؤكدًا أن المصريين القدماء كانوا يدركون أن هناك إلهًا واحدًا والحضارة كانت قائمة على مبدأ التوحيد بدليل أنها رفعت مسلاتها إلى سماء في إشارة إلى وحدانية الخالق. وأضاف أن برديات الفراعنة وكتاب الموتى أشهر كتاب توحيدي في الحضارة الفرعونية، جاء فيه عبارات قطعية تدل على وحدانية الخالق مثل "أنت الأول وليس قبلك شيء وأنت الآخر ليس بعدك شئ"، وجملة آخر على لسان الإله الواحد تقول "خلقت كل شيء وحدي ولم يكن بجواري أحد". وأكد أن كلمة "نتر2800" في اللغة الهيروغليفية لاتعني أن هناك 2800 اله ولكن تدل على توافر 2800 صفه للاله الواحد، بعد ان تشوهت الحضارة ودخلها تحريف الكهنة والقوى السياسية من أجل المصلحة الخاصة المترتبة على زيادة عدد الآلهة في تصفية الأحزاب والمعارضة وزيادة المعابد وبالتالي فرض الضرائب وقرابين الولاء ل2800 إله، أثبتت أن التاريخ الفرعوني مزيف ومحرف بيد الكهنة والحكام. وأشار إلى أن الإله "اتم" اي ادم في تعرف الهيروغليفية كان أول من نزل على الأرض ليتحول إلى أسطورة إلهية بعد موته كمصير باقي الحكماء في هذه الفترة، وأن اوزيرس هو النبي "إدريس" في العربية جاء ليعلم الناس الكتابة وتقسيم الفصول وأسماء النجوم واللبس المخيط والتقويم الشمسي وإدريس كان يعيش في مصر، أما نوح "نوه" عند الفراعنة كان إله الماء والفيضان ومنقذ البشرية.