الانتهاكات التي قام بها المجلس العسكري أثناء المرحلة الانتقالية والتي استمرت حوالي 18 شهرا حتى تسليم السلطة إلى رئيس مدني، كانت محور الاتفاق الذي جمع بين تقارير منظمة العفو الدولية وعدد من السياسيين والحقوقيين، والذي طالبوا بتوثيق هذه الجرائم والبدء الفوري في التحقيق فيها وتقديم مرتكبيها للمحاكمة. وأصدرت منظمة العفو الدولية الصادرة اليوم بيانًا أشارت فيه إلى حدوث عمليات قتل غير قانونية، واستخدام مفرط للقوة، والتعذيب وغيرها من أساليب سوء المعاملة ضد المتظاهرين من جانب قوات الجيش والشرطة على حد سواء، خلال الفترة التي أعقبت ثورة يناير حتى نهاية يونيو الماضي، واستندت التقارير إلى التحقيقات الميدانية المباشرة التي أجريت خلال فترة حكم المجلس الأعلى للقوات المسلحة للبلاد، واعتبرت المنظمة أن هذه الفترة شهدت وحشية دون عقاب أو رادع. من جانبه أكد ناصر أمين مدير مركز استقلال القضاء أنه يجب تشكيل لجنة لإجراء بحث واف وشامل لتقارير منظمة العفو الدولية، مشيرًا إلى أن هذا التقرير لم يكن الأول من نوعه في هذا الصدد فالمجلس القومي لحقوق الإنسان أصدر تقرير سابق لتقرير العفو الدولية وهو جهة حكومية مصرية. وأضاف «أمين» أن التقريرين أدانا قيادات عسكرية متورطة في أحداث ماسبيرو ومحمد محمود، مشيرًا إلى أنه يتحمل اللواء حمدي بدين قائد الشرطة العسكرية المسئولية الأكبر فيما حدث من اعتداءات على المتظاهرين، ويجب أيضا معرفة من أعطاه تلك الأوامر. وطالب «أحمد سيف الإسلام» مدير مركز هشام مبارك رئيس الجمهورية بأخذ مثل هذه التقارير في الاعتبار، وإحالتها إلى لجنة تقصي الحقائق، مؤكدا أن هناك تقاريرا مصرية سابقة كانت صدرت في أحداث موقعة «الجمل» مثل تقرير «عادل قورة» رئيس لجنة تقصي الحقائق، وكذلك تقرير المجلس القومي لحقوق الإنسان حول أحداث ماسبيرو، أملًا أن تستخدم لجنة تقصي الحقائق تلك التقارير. وأشار «سيف» أن ما صدر اليوم تقرير إدانة أحدهم ضد الداخلية، والآخر ضد عسكريين، مستبعدا أن يتم تصعيد الأمر دوليًّا، مؤكدًا أننا لم نعدم الوسائل الداخلية بعد، وأنه في حال عدم استجابة النظام الحاكم والمحاسبة الحقيقية للمتورطين قد يتم اللجوء إلى المحافل الدولية.
في السياق نفسه قال «أبو العز الحريري» عضو مجلس الشعب المنحل: "تقرير منظمة العفو الدولية الذي أدان المجلس العسكري بارتكاب جرائم، يعد كذلك إدانة أيضا للإخوان والسلفيين وللرئيس والجماعات المتأسلمة التي تسببت في إراقة دم المصريين، وإشعال العديد من الفتن داخل المجتمع المصري وإحداث اضطرابات بالبلاد. وأضاف «الحريري» بقوله: "جماعه الإخوان المسلمين والسلفيين شاركوا في الخروج الأمن للمجلس العسكري بعدما رفض أعضاء مجلس الشعب المادة رقم 8 من القانون التي لا تسمح بمحاكمة العسكريين أمام محاكم مدنية وهو ما رحب به الإخوان والسلفيين". وشدد الحريري على أن في حالة توجيه الاتهام لأحد فسوف يوجه إلى شخص الرئيس، وجماعته وبالتالي مطالبًا «مرسي» أن يقوم بإلغاء المادة 8 من الإعلان الدستوري المنظمة لمحاكمة العسكر مثلما قام بإصدار قرار يلغي العمل بالإعلان الدستوري المكمل، بما يتيح محاكمة العسكريين أمام المحاكم العادية. وتوقع «البرلماني السابق» أن يرفع مواطنون مصريون دعاوي قضائية ضد المجلس العسكري وجماعه الإخوان المسلمين والسلفيين أمام محكمة الجنايات الدولية، باعتبار أن ما تم جرائم إنسانية شارك فيها الثلاثي العسكر والإخوان والسلفيون، وهم من وضعوا المجلس العسكري في مواجهة مع الشعب المصري، وأضاف الحريري: "المؤسسة العسكرية ما هي إلا هيئة كأي مؤسسة من مؤسسات الدولة وبالتالي فلا يحق لها رفض عدم تسليم أي من أفرادها إذا ثبت بحقهم ارتكابهم لجرائم ضد الشعب المصري وضد الإنسانية، وأنها «ليست علي رأسها ريشة»". وقال: "إن القوى الشعبية والسياسية ستترقب هذا التقرير وستتعامل معه باهتمام بالغ؛ لأن الجرائم التي ارتكبت ارتكبها المجلس العسكري والإخوان والسلفيون ضد الشعب المصري".