بدأت خلافات السلفيين والإخوان بزيارة نجاد إلى مصر، حيث أعلن التيار السلفى وحزب النور وجموع السلفيين رفضهم لزيارة الرئيس الإيرانى إلى مصر ورفضهم لكل أشكال التطبيع مع الإيرانيين، حيث أعلن مشايخ السلفية أن الإخوان خالفوا اتفاقهم معهم وتحالفوا مع الشيعة، خاصة فى ذلك الوقت، بل واتفق السلفيون لأول مرة منذ فترة مع شيخ الأزهر الذى أعلن رفضه التام لزيارة أحمدى نجاد، الرئيس الإيرانى وزيارته لمسجد الحسين ومساجد الصحابة بمصر، خوفا من أن ينتشر المذهب الشيعى بمصر. وطالب السلفيون الرئاسة بإصدار بيان توضيحى بالرفض من أن يكون هناك نية للتعامل مع الإيرانيين لكنهم فوجئوا بزيارة وزير السياحة المصرى هشام زعزوع إلى إيران وإعلانه أن مصر ستفتح باب السياحة مع الإيرانيين، الأمر الذى أثار غضب التيار السلفى. وأكد الشيخ محمد الكردى، عضو الهيئة الشرعية للحقوق، أن الخوف على مصر من التشيع أهم من أى تخوف أو خطر أكبر، فلا خطر أكبر من خطر الشيعة على مصر؛ لأنهم يظهرون ما يبطنون. وقال العلماء إن الشيعة أخطر من اليهود، و"نحن نرفض دخولهم مصر تحت أى بند أو مسمى سياحة أو غيره، فلو بذرت بذرة واحدة فى مصر لن نعيش على هذا الوطن يوما، ويكفى ما فعلوه فى العراق وسوريا واليمن، وما حاولوا فعله فى السعودية، وهم يعرفون أن مصر آخر النقاط الحصينة أمامهم، ولن نسمح بذلك، وفور تحققنا من الأمر لن ننظم مليونيات فقط بل سنقطع كل الطرق ونتظاهر فى كل مكان قد يمر منه التشيع". فيما رفض الدكتور كامل محمد عبد الجواد، المتحدث باسم الدعوة السلفية بالجيزة، فكرة المليونيات لمواجهة التشيع قائلا: "لن نسن سنة جديدة فى المصريين، كلما غضبنا نخرج بمليونيات، لكن علينا أن ندعم الأزهر والأوقاف لرفض التشيع، وهناك قنوات أخرى لإيصال المطلوب". وأضاف "عبد الجواد" أن عقارب الساعة لن تعود إلى الوراء ولن نقبل بالمد الفارسى، ولن نكون جزءا من الهلال الشيعى الذى يبدأ من إيران مرورا بالعراق وسوريا ولبنان ثم مصر، ونحن لا نخشى ظهور الشيعة، نحن نرفض وجودهم فى الأساس. فيما أكد الشيخ عادل نصر، رئيس الدعوة السلفية بالفيوم، أنه يرفض أى نوع من أنواع التعاون مع الشيعة ولن يسمح على الإطلاق بوجود هؤلاء الرافضة على أرض مصر مشددًا أن سبب الخلاف ما بين السلفيين، مضيفا أن الإخوان كانوا سبب دخول الشيعة إلى مصر، ولم يعلنوا موقفهم حتى الآن من رفض الشيعة، وسبق وأن حذرنا جماعة الإخوان المسلمين من ردة فعلنا إذا فتحوا الباب أمام الشيعة لدخول مصر. وأضاف "نصر" أن التدخل الإيرانى فى مصر مرفوض شكلا وموضوعا لأنه لا يتخيل أن يأتى السائح الإيرانى إلى مصر كى يزور الشواطئ والآثار ويترك المساجد التى يعتقد فيها، وعلى الرئيس والحكومة المصرية أن يستفيقوا، فالتيار السلفى سيواجه بكل قوة هؤلاء الرافضة من الشيعة ومن يعاونهم على الدخول لمصر.