مخالفات عديدة، منحت المنظمات الحقوقية الفرصة لرصدها، بل والتمعن فيها ومشاهدتها بجميع أشكالها، كان أبرزها ممارسات اللجنة العليا للانتخابات، التى اعتبرتها من أخطر التجاوزات، التى تهددها بالبطلان. والحال بالفعل تقول إن أكبر العيوب فيها، كان الإدارة العجيبة من اللجنة العليا. المجلس القومى لحقوق الإنسان أكد أن جولة إعادة المرحلة الأولى من الانتخابات اتسمت بتدنى نسبة مشاركة الناخبين فى التصويت. على خلاف جولة البداية، وأكدت وحدة دعم الانتخابات بالمجلس أنها تلقت 100 شكوى فى جولة الإعادة، بالإضافة إلى قرابة 1350 شكوى فى جولة البداية من المرحلة الأولى. المجلس أوضح أن أهم الانتهاكات، كان استمرار الدعاية الانتخابية أمام لجان التصويت، واستخدام الدعاية الدينية، والرشاوى المادية أو التوجيه إلى اختيار مرشح بعينه. ولفت المجلس إلى أنه تلقى قرصا مدمجا يحتوى على مقطع فيديو يظهر به أحد أنصار مرشح مستقل يقوم بدفع رشاوى مالية لعدد من المواطنين، مؤثرا بذلك على إرادتهم ورغبتهم فى اختيار من يمثلهم. التحالف المصرى لمراقبة الانتخابات، بدوره، انتقد عدم قدرة اللجنة العليا على إدارة العملية الانتخابية، وعجزها عن السيطرة على الانتهاكات، من قبل المرشحين والدعاية الانتخابية فى أثناء فترات الصمت، وعدم امتلاكها أدوات حقيقية لإصدار قرارات لوقف تلك الانتهاكات. وفجَّر التحالف خلال المؤتمر الصحفى أمس بمقر المنظمة المصرية لحقوق الإنسان مفاجأة من العيار الثقيل بحصوله على كم كبير من أوراق الاقتراع ومحاضر الفرز الخاصة بالمرحلة الأولى، بعدد من الدوائر، مؤكدا أن إلقاء تلك المحاضر مخالف للقانون، لأن الطعون الانتخابية لم يتم البت فيها بعد. كما فجِّر التحالف مفاجأة أخرى بعرض فيديوهات تؤكد مجموعة من الانتهاكات، أبرزها حذف نتائج بالدائرة التاسعة بالقاهرة، التى تضم (حلوان، والتبين، و15 مايو)، الموقع الرسمى للجنة العليا للانتخابات بعد نشرها ثم تم تغييرها، واصفا ذلك بالتزوير فى نتائج الانتخابات، وفيديو آخر عرضه التحالف ظهر فيه أحد القضاة يعلن نتائج الدائرة التى يشرف عليها «الساحل»، رغم قرار «اللجنة» بأنها المنوطة بإعلان النتائج. الموقع الإلكترونى للحملة الوطنية لمراقبة الانتخابات، أشار إلى تأخر فتح اللجان فى 150 مقر انتخابى، فى الدوائر التى كانت تجرى فيها الإعادة، و750 انتهاكا فى الدعاية للمرشحين والأحزاب أمام المقرات الانتخابية، و500 مقر انتخابى لم تعلق فيها كشوف الناخبين، مضيفا أنه لم توجد لوحات إرشادية لمساعدة الناخبين داخل اللجان فى 603 لجان، ولم تفتح 20 لجنة انتخابية فى ميعادها، بسبب تأخر إدارة الانتخابات، ولم يكن تصميم 360 لجنة يسمح بضمان سرية وسهولة التصويت، بينما دخل عدد من الناخبين أكثر من عدد الستائر فى 131 لجنة، ولم يستخدم الحبر الفسفورى أو يحرص على استخدامه فى 273 لجنة، وتكرر بقاء الناخبين فى مقر اللجنة الانتخابية بعد التصويت فى 650 حالة.