كشف تقرير لصحيفة «نيويورك تايمز» الأمريكية، وجود علاقة بين الرئيس المعزول محمد مرسي والجماعات الإسلامية المسلحة في سيناء. وجاء في التقرير أن أحد أسباب تصاعد حدة العمليات الإرهابية في سيناء هو فض اعتصامي رابعة العدوية والنهضة في الرابع عشر من أغسطس الماضي، والذي كان مبررا ساقه تنظيم أنصار بيت المقدس في عملياته الأخيرة ضد الجيش والشرطة، والتي كان أبرزها محاولة اغتيال وزير الداخلية اللواء محمد إبراهيم والتي اسماها التنظيم «غزوة الثأر لمسلمي مصر». وأضاف التقرير أن تنظيم «كتائب الفرقان» أيضا تبنى عمليات التصفية للضباط في الجيش والشرطة تحت شعار «نصرة المستضعفين» قاصدا من قتلوا من أنصار الإخوان، موضحا انه رغم ذلك لم يثبت بالدليل القاطع وجود علاقة بين هذه التنظيمات وجماعة الإخوان. وأشار التقرير إلى أن جماعة الإخوان المسلمين اكتفت ببعض البيانات والتصريحات التي تدين العنف بشكل عام دون مهاجمة هذه التنظيمات التي تكفر الجيش والشرطة. ولفت التقرير إلى الربط الذي اقره القيادي الإخواني محمد البلتاجي في فيديو له والذي قال فيه «أن هذا الذي يحدث في سيناء ردا على هذا الانقلاب العسكري يتوقف في الثانية الذي يعلن فيها وزير الدفاع عبد الفتاح السيسي أنه تراجع عن هذا الانقلاب»، وهذا الربط أُعتبر دليلا على وجود دعم من جماعة الإخوان المسلمين للعنف في سيناء، خصوصا وأن عاما من حكم الرئيس المعزول محمد مرسي تميز باستقرار الوضع الأمني في تلك المحافظة. وتابع التقرير انه بعد نحو شهر من تولي مرسي الحكم قتل 16 جنديا على أيدي مسلحين في رفح شمالي سيناء، وانطلقت العملية العسكرية «سيناء» لمطاردة العناصر المسلحة، وتردد أن هذه العملية توقفت حيث أن الرئاسة فضلت آن ذاك الحوار مع تلك الجماعات عن الحل الأمني، بل ذهب البعض إلى وجود اتفاق على أساسه تتوقف عمليات العنف مقابل الإفراج والعفو عن من المنتمين لهذه الجماعات المسلحة. وذكر التقرير انه منذ عزل مرسي عادت الهجمات المسلحة إلى سيناء بل وانتقلت إلى عدد من المحافظات وحتى القاهرة. وأوضح التقرير إلى أن الفريق أول عبد الفتاح السيسي وزير الدفاع كان قد المح أن المهندس خيرت الشاطر النائب الأول لمرشد جماعة الإخوان المسلمين قد هدد بشكل غير مباشر -في لقاء جمعهما- من رد فعل الجماعات المسلحة في حال عزل الرئيس محمد مرسي. ونوه التقرير أن بيان الحكومة كان واضحا وصريحا في اتهام مباشر لجماعة الإخوان بممارسة العنف في سيناء، والذي بدوره زاد عدد الأصوات المطالبة بإدراج جماعة الإخوان المسلمين كمنظمة إرهابية، إلا أن رئيس الوزراء شدد على أن القضاء هو من سيحسم هذا الأمر.