بعد إعلانها عن تأييدها لمرشح جماعة الإخوان المسلمين محمد المرسي، أرسلت حركة شباب 6 ابريل رسائل تهنئة لمرسي بمناسبة فوزه في انتخابات رئاسة الجمهورية، والتي أظهرت النتائج تقدمه على أحمد شفيق. وقالت الحركة في بيان لها أنه تبادلت التهنئة مع حملة الدكتور محمد المرسي، أثناء وبعد فرز الأصوات وتهنئته بالنتيجة، رغم كل ما شهدته الانتخابات من مصاعب وانتهاكات لتأييد مرشح النظام البائد حسب قول البيان. وذكر أحمد ماهر المنسق العام للحركة، محمد المرسي بتعهداته لشباب 6 ابريل وشباب الثورة قبل إجراء انتخابات الجولة الثانية والتي يأتي على رأسها الحفاظ على مدنية الدولة وعدم الاستئثار بالسلطات وتعظيم مبدأ المشاركة لا المغالبة على حد قوله. وأضاف ماهر «المعركة لا تزال طويلة والثورة لا تزال مستمرة حتى تحقيق أهدافها وأن الفترة القادمة في الثورة المصرية أكثر صعوبة وضراوة من مرحلة إسقاط مبارك، فالنظام القديم والدولة العسكرية حسب قوله لا تزال تحكم مصر، ويجب أن يتكاتف الجميع ضد الحكم الاستبدادي للمجلس العسكري». وعن الإعلان الدستوري المكمل الذي أصدره المجلس الأعلى للقوات المسلحة قال ماهر «يجب كذلك أن يتكاتف الجميع ضد الإعلان الدستوري المكمل والغير شرعي الذي يسحب كل السلطات والصلاحيات ويمنحها للمجلس العسكري ويجعل الرئيس القادم بلا أية صلاحيات وضد الأحكام العرفية التي أعلنتها وزارة العدل بالسماحية للمخابرات والشرطة العسكرية بالضبط القضائي وسلطة القبض على المدنيين، وضد محاولة العسكري لكتابة دستور جديد يمنحهم مميزات خاصة وتعرقل الرقابة على اقتصاد المؤسسة العسكرية». يذكر أن عددا من شباب الحركة نزلوا إلى ميدان التحرير، اليوم الاثنين للاحتفال بفوز مرسي.