ظهرت بوادر أزمة بين قائد الحرس الجمهورى والرئيس مرسى بعدما نما إلى علم الأول وجود اقتراح من جماعة الإخوان المسلمين بتكليف قوات خاصة من حماس وميليشيات الجماعة للتواجد داخل القصر لحماية الرئيس والقصر من جهة وللقيام بأى عمليات خاصة ضد أشخاص تتم دعوتهم للتظاهر أو اقتحام الإتحادية، ويتم عمل ما ضدهم داخل أو فى محيط القصر ويتم إخراج القصة على أنها عملية خيانة، والتضحية بقتل شخص من الحراسة ككبش فداء ولطمس الحقيقة. وهناك دعوات من ضباط الحرس الجمهورى بأنه يجب على أى قيادة عسكرية أو أمنية أو مخابراتية تزور القصر أن تدخله بسلاحها الشخصى، وأن تصطحب معها حراستها الشخصية وتؤمن المكان ومحيطه بجدية، وأنهم كضباط بالحرس الجمهورى سيحمون جميع القيادات العسكرية بدخولهم القصر بسلاحهم وهذا ما كان يحدث من قبل. وكانت مصادر أمنية أكدت أن الجماعة الإسلامية طالبت الرئيس مرسى بتقنين وضع اللجان الشعبية لها فى الشارع لتحمل اسم قوات الدفاع الشعبى. واشارت المصادر إلى أن هناك خطة لتنفيذ نزولهم ومنع نزول الجيش مرة أخرى فى حالة انسحاب الشرطة بشكل كامل من الشارع. ومنها تقارير لجهات سيادية بأن هناك مخططاً لاستهداف قيادة عسكرية كبرى تحت عملية تسمى «القلعة»، ووفقا للتقارير فانهم يدبرون عملية اغتيال أو محاولة اغتيال لشخصية عسكرية خلال تواجده بالاتحادية أو فى أحد الاجتماعات أو عند ذهابه إلى الرئيس بهدف إحداث بلبلة شديدة داخل القوات المسلحة ويكون ذلك هو الوقت المناسب لنشر الميليشيات العسكرية للجماعة الإسلامية وجميع المدافعين عن بقاء الرئيس مرسى فى تلك الفترة ليصدر بعدها الرئيس قراراً بتقنين نزول اللجان الشعبية الإسلامية وتشكيل قوات الدفاع الشعبى.