تلوح في الأفق أزمة جديدة بين منظمة اليونسكو وإسرائيل، فبعد منح فلسطين العضوية الكاملة في المنظمة، وإدراج كنيسة المهد ضمن التراث العالمي، قررت مدير عام المنظمة البلغارية إيرينا بوكوفا قبل عدة أيام تقديم الرعاية للجامعة الإسلامية في غزة، واعتبار الجامعة مؤسسة أكاديمية رائدة. وبدورها، أدانت وزارة الخارجية الإسرائيلية القرار، وزعمت أنه يأتي في إطار الحملة التي تقوم بها بوكوفا للانتخاب لفترة ثانية عام 2013، وقال مسئول كبير في الخارجية الإسرائيلية: إن بوكوفا تسعى خلال هذه الأيام لدى الرئيس أوباما لكي يوقع على أمر بإعادة تمويل المنظمة، فيما سيسلم سفير إسرائيل لدى اليونسكو، نمرود باركو، رسالة احتجاج رسمي لمكتب المدير العام لليونسكو.
وتزعم إسرائيل أن الجامعة الإسلامية على صلة وثيقة بحماس، ويتدرب في كلياتها عدد من رجال حماس، كما قصفت إسرائيل عدة مبان تابعة للجامعة خلال عملية الرصاص المصبوب عام 2008، بزعم أنها تضم عددًا من ورش صناعة السلاح والصواريخ.