قالت 29 منظمة حقوقية إن التحقيقات فى قضية تمويل المجتمع المدنى تجري في مقر حكومي (وزارة العدل) ويقوم قاضيان اختارهما بالاسم رئيس محكمة استئناف القاهرة بمفرده، مشيرين إلى أن سيرة القاضيان الذاتية تؤكد إنهما عملا لفترة طويلة كرؤساء لنيابة أمن الدولة العليا، تلك النيابة التي كانت مثار انتقاد واسع ومطالبات بإلغائها من قِبل الداعيين لاستقلال القضاء والمنظمات الحقوقية والقوى السياسية المختلفة لارتبط اسمها بالتستر على جرائم تعذيب المتهمين في قضايا سياسية على يد زبانية مباحث أمن الدولة، وأيضًا لأنها كانت أداة في يد نظام مبارك يستخدمها لتصفية الحساب مع خصومه السياسيين. وأضافت المنظمات فى بيان لها الإربعاء إن الحكومة المصرية وجهت الدعوة في أكتوبر الماضي لاثنين من هذه المنظمات لمراقبة الانتخابات البرلمانية، رغم أنه طبقًا للمادة الثانية من القرار رقم (20) لسنة 2011 الصادر من رئيس اللجنة العليا للانتخابات بشأن تنظيم دور المجتمع المدني في متابعة الانتخابات، لا يجوز للمنظمة المدنية غير المصرية أن تتابع العملية الانتخابية إلا بعد تقديم "ما يفيد تصريح وزارة الخارجية بمباشرة هذا النشاط في مصر؟!"، لافتين إلى أن هذا التصريح وإن كان محدد بنشاط مراقبة الانتخابات إلا أنه يضفي مشروعية لعمل المنظمات المصرح لها.
وأشارت المنظمات إلى أن وزارة العدل وأطراف أخرى بداخل الحكومة وقاضيا التحقيق أدارت محاكمة "فعلية" من طرف واحد في وسائل الإعلام على مدار نحو 5 شهور، تضمنت توزيع تهم "جزافية" لكيانات وأشخاص، بأسلوب التسريبات الصحفية، بهدف تشويه سمعة منظمات المجتمع المدني بشكل عام والمنظمات الحقوقية بشكل خاص، وإلصاق تهم العمالة لصالح أجندات أجنبية، والتآمر على استقرار البلاد، على حد قول البيان.