بعد مباحثات شاقة استمرت لأكثر من اثنتى عشرة ساعة مستمرة من العاشرة صباحا وحتى العاشرة مساء الجمعة في العاصمة الكونغولية كينشاسا باجتماع المجلس الوزارى لدول حوض النيل، رفضت مصر الموافقة على توقيع الإطار القانونى المؤسسى لحوض النيل إلا بعد استيفاء ثلاثة شروط أبداها الدكتور محمد نصر الدين علام وزير الموارد المائية والري. وهذه الشروط هي على النحو التالي : 1 أن تتضمن الاتفاقية فى البند رقم «14 ب» الخاص بالزمن المائى نصا صريحا يضمن عدم المساس بحصة مصر من مياه النيل وحقوقها التاريخية فى مياه النيل. 2 أن يتضمن البند رقم 8 من الاتفاق والخاص بالإخطار المسبق عن أى مشروعات تقوم بها دول أعالى النيل اتباع إجراءات البنك الدولى فى هذا الشأن صراحة، وأن يتم إدراج هذه الإجراءات فى نص الاتفاقية وليس فى الملاحق الخاصة بها. 3 أن يتم تعديل البندين رقم 34أ و34ب بحيث تكون جميع القرارات الخاصة بتعديل أى من بنود الاتفاقية أو الملاحق بالإجماع وليس بالأغلبية..وفى حالة التمسك بالأغلبية فيجب أن تشمل الأغلبية دولتى المصب مصر والسودان لتجنب عدم انقسام دول الحوض ما بين دول المنابع التى تمثل الأغلبية ودولتى المصب التى تمثل الأقلية. جدير بالذكر أن السودان ذكر فى بداية الاجتماع أنه قد تم رفع بند الأمن المائى إلى رؤساء دول حوض النيل لحل الخلاف حول صياغته وذلك منذ يونيو 2007، وأنه من الناحية الإجرائية لا يجب إعادة النظر فى هذا البند فى اجتماع المجلس الوزارى إلا بعد موافقة السادة الرؤساء على ذلك. وقد غادر الوفد السودانى برئاسة السيد وزير الرى والموارد المائية الاجتماع مباشرة بعد هذا التصريح مبررا مغادرته بارتباطات مسبقة فى الخرطوم. من ناحية أخرى، فقد اقترحت دول المنابع السبعة أن يتم وضع البند الخاص بالأمن المائى رقم 14 ب فى ملحق للاتفاقية، وإعادة صياغته بما يضمن توافق دول الحوض حوله خلال ستة أشهر من تاريخ توقيع الاتفاقية وإنشاء هيئة حوض النيل المقترحة فى الاتفاقية.