واجهت تقنية مضادة لخطف الطائرات باستخدام شفرة كانت إسرائيل تعتزم أن تفرضها على جميع الرحلات الجوية القادمة إليها معوقات، بعد احتجاجات من طيارين يقولون إنها ستزيد أخطارا جديدة منها إمكان تعرض الطائرة لإطلاق النار وإسقاطها دون قصد. ووزعت إسرائيل نظام الشفرة الأمنية- وهي عبارة عن لوحة مفاتيح ذكية تعدل وفقا للطلب- على طيارين من خمس شركات طيران أجنبية في عام 2008، فيما وُصف بأنه تجربة بين الطائرات التي تدخل المجال الجوي لإسرائيل على توزيع عام للجهاز الذي في حجم بطاقة الائتمان. لكن جماعات طيران عالمية مختلفة عبرت عن هواجس بشأن نظام الشفرة الأمنية الذي يفترض أن يرصد الطائرات التي يتم السيطرة عليها؛ لاستخدامها في هجمات انتحارية على غرار هجمات القاعدة. وكان الاتحاد الأوروبي الذي يشكل معظم الرحلات الجوية إلى تل أبيب من بين الذين أحجموا عن قبول الابتكار الإسرائيلي. والشركات التي تحجم حاليا عن نظام الشفرة الأمنية شركات ليست أوروبية، وهي دلتا، وكونتنينتال، والخطوط الجوية الأمريكية، والخطوط الجوية الكندية، اير كندا، والخطوط الجوية الإثيوبية. وبموجب هذا النظام يتعين على الطيارين الذين يقتربون من إسرائيل الكتابة على لوحة المفاتيح باستخدام شفرة على افتراض أن الخاطفين لن يتمكنوا من التحقق منها. ويتوقع من الطيار الذي يتعرض للتهديد من قبل الخاطف أن يدخل شفرة زائفة، وسيكون لدى إسرائيل بشكل أو بآخر الوقت لاتخاذ الإجراءات المناسبة. وتشمل الشكاوى من تطبيق نظام الشفرة الأمنية أنه قد يؤدي إلى إيجاد فئة مميزة من الطيارين الذين يجتازون فحصا إسرائيليا، وأن أي عطل بالجهاز قد يتسبب في حدوث تأخيرات مكلفة في وسط الجو وأن إسرائيل لن تفتح مطاراتها أمام طيارين قادمين من جهات أخرى يحتاجون للهبوط اضطراريا. وتقول بعض جماعات الطيران إن أي مزايا أمنية سيقابلها احتمال إدخال طيارين شفرات خاطئة بشكل غير مقصود أو إدخال الشفرة الصحيحة- في حالة الخطف- على أمل كسب الوقت قبل أن تقوم الطائرات الحربية الإسرائيلية بعملية اعتراض. وقال الاتحاد الدولي لجمعيات الطيارين- في بيان في 26 يوليو تموز- "الأولوية الأساسية للطيارين هي ضمان سلامة وصول راكبيهم وأفراد طاقمهم. لذلك فإن التهديد بعمل من قبل قوات الدفاع الإسرائيلية ربما يكون أيضا رادعا قويا للطيارين لإدخال رمز التأكيد في حالة ما إذا كان الوضع يوحي بأنه ينبغي عليهم ذلك."