تنوعت فتاوى شيخ الأزهر بين الفتاوى الدينية والاجتماعية والسياسية والاقتصادية وكان من أهمها: تأجيل موسم الحج بسبب أنفلونزا الخنازير من أشهر هذه الفتاوى رفضه إلغاء موسم الحج والعمرة بعد انتشار وباء أنفلونزا الخنازير، وصرح حينها: "أن الحكم بانتشار الوباء ليست من اختصاصي، بل هي اختصاص وزارة الصحة ونقابة الأطباء، وحين يبلغونني أن الوباء قد انتشر بصورة تستحق التأجيل، يمكن أن تصدر مثل هذه الفتوى، إلا أنهم قد أعلنوا منذ أيام عكس ذلك، مما يمنعني من إعلان إلغاء فريضتي الحج والعمرة." نقل الأعضاء البشرية وأجاز الشيخ الراحل عمليات نقل الأعضاء البشرية، وقال عنها: "إن جسد الإنسان ليس سلعة تباع وتشتري. ومع ذلك، فإن جمهور العلماء أجاز التبرع بالأعضاء شريطة أن يقر الأطباء أن التبرع بهذا العضو لا يترتب عليه ضرر بالشخص المتبرع، وفيه إفادة للمتبرع له". كما أجاز نقل عضو من إنسان ميت إلي آخر حي، مع منع الاتجار بالأعضاء. بالإضافة إلى ذلك، أباح الشيخ في فتواه عمليات نقل الأعضاء ممن نفذ فيه حكم الإعدام، على أن يكون ذلك النقل بهدف إنقاذ حياة مريض وبدون مقابل أو موافقة من أهله. . عقوبة الإعدام رفض شيخ الأزهر إلغاء عقوبة الإعدام وقال: "إن إلغاء عقوبة الإعدام التي تعني القصاص من المعتدى والقاتل لغيره ظلماً، ثابتة في القرآن والسنة النبوية، وليس من حق شيخ الأزهر ولا من هو أعلى أو أقل منه أن يفتى بغير هذا." إجهاض المغتصبة ثم كانت هناك فتواه بجواز إجهاض المغتصبة والتي قال فيها: "إنه يجوز للمغتصبة إسقاط الحمل (الإجهاض) بشرط أن تكون الفتاة المغتصبة حسنة السمعة ونقية وطاهرة، ورافضة لما وقع لها". الفتيات في الكليات العسكرية وأجاز التحاق الفتيات بالكليات العسكرية والجيش. كما رأى أن المرأة "تصلح أن تكون رئيسة للجمهورية وتتمتع بالولاية العامة التي تؤهلها لشغل المنصب". أصحاب الرسول ورفض الإساءة إلى أصحاب الرسول صلى الله عليه وسلم وقال: "كل من يتعمد أو يصر علي الإساءة إلي أحد من أصحاب الرسول صلي الله عليه وسلم يكون خارجا عن الإسلام". الرسوم المسيئة ورداً على الرسوم الكاريكاتورية التي نشرتها أحد الجرائد الدنماركية علق شيخ الأزهر: "أرفض الإساءة إلى الأموات بصفة عامة سواء كانوا من الأنبياء أو المصلحين أو غيرهم من الذين فارقوا الحياة الدنيا". الحجاب في فرنسا أما عن رده على فرنسا حينما سعت لإصدار قانون يمنع الفتيات المسلمات من ارتداء الحجاب في المدارس الفرنسية، فقد قال: "إن ذلك شأن داخلي فهو حقهم .. حقهم .. حقهم". فتاوى عامة وبالنسبة لفوائد البنوك فقد أصدر في البداية فتوى بتحريمها ... وقال فيها: "لقد أجمع المسلمون علي تحريم الربا، وهو في اصطلاح الفقهاء زيادة في معاوضة مال بمال دون مقابل وكل قرض بفائدة محددة مقدماً حرام شرعا". ثم أصدر فتوى أخرى قال فيها: "أن فوائد البنوك حلال شرعا وتحديد نسبة الفائدة يضمن حقوق المودعين"، كما أكد أن المضاربة في البورصة مباحة باعتبارها من الأمور المستحدثة. الختان وفي قضية ختان الإناث، أعلن أن الختان ليس من الشريعة الإسلامية وأنه عادة أفريقية وفرعونية. أما آخر فتاويه – قبل أيام من رحيله- فكانت رفضه استبدال الأذان بفرنسا بومضات ضوئية.