أحالت النيابة العسكرية تحقيقاتها في قضية محاولة تنظيم داعش اغتيال الرئيس عبدالفتاح السيسي والأمير محمد بن نايف ولي العهد السعودي، واغتيال 3 قضاة مشرفين على الانتخابات البرلمانية بحي المساعيد، والهجوم على الكتيبة 101 إلى المحكمة العسكرية التي حددت الدائرة الثانية. واعترف 66 متهمًا خلال تحقيقات نيابة أمن الدولة العليا، التي باشرتها على مدى أكثر من عام، ب17 واقعة ارتكبها التنظيم من بينها اغتيال 3 قضاة مشرفين على الانتخابات البرلمانية، داخل حي المساعيد، والهجوم على الكتيبة 101 باستخدام سيارتين تم تعبئتهما بالمتفجرات وتفجيرهما داخل الكتيبة وحصار قسم شرطة الشيخ زويد ومحاولة الهجوم على استراحة القضاة وكمين سدرة وثلاثة أكمنة أخرى، فيما عرف باسم محاولة إعلان إمارة سيناء. وكشفت التحقيقات عن اهم ممولي التنظيم وهو هارب الأن إلى سوريا واسمه هشام عبدالحليم الكتش والذي باع كل ممتلكاته قبل الهروب من مصر وسلم قيمتها لعناصر التنظيم ، وبلغ اجمالي ما تبرع به 4 ملايين دولار . ونسبت التحقيقات بعد انتهائها عدد من الوقائع لعناصر التننظيم من بينها اغتيال 3 قضاة بالعريش فى سيارة ميكروباص، وقام برصد القضاة الإرهابى طارق محمود شوقى نصار من منطقة بئر العبد، حتى وصولهم العريش بينما تولى تنفيذ الواقعة إرهابيين هما محمد أحمد زيادة وجواد عطا الله سليم حسن واستهداف مقر إقامة القضاة المشرفين على الانتخابات البرلمانية بمحافظة شمال سيناء بأحد الفنادق، والتى أسفر عنها مقتل قاضيين و4 أفراد شرطة ومواطن. و الوقائع الاخرى هي اغتيال المقدم إبراهيم أحمد بدران سليم مدير إدارة تأمين الطرق والأفواج السياحية بشمال سيناء، والقوة المرافقة له، ورقيب شرطة عبد السلام عبد السلام سويلم، والمجند حمادة جمال يوسف، والذى تم اغتياله بمنطقة جسر الوادى بمنطقة العريش تفجير الانتحارى عادل محمد عبد السميع الشوربجى بتكليف من شقيقه القيادى محمد فى أتوبيس يقل سياح كوريين بمدينة طابا بجنوب سيناء، والذى أسفر عن وفاة 3 سائحين وسائق الناقلة وإصابة عدد كبير من السياح ورصد واستهداف الكتيبة 101 قوات مسلحة بشمال سيناء بقذائف الهاون عدة مرات وزرع عبوات ناسفة بطريق مطار العريش استهدفت مدرعات القوات المسلحة والشرطة أثناء مرورها بالطريق، واستهداف قسم ثالث العريش باستخدام سيارة مفخخة قادها الانتحارى أحمد حسن إبراهيم منصورو استهداف إدارة قوات أمن العريش بسيارة مفخخة وسرقة سلاح آلى وخزينتين بالإكراه من قوات الحماية المدنية، واستهداف مبنى الحماية المدنية، وشركة الكهرباء بالعريش، وسرقة ما بهما من منقولات، ومن بين الوقائع إطلاق نيران على معسكر الأمن المركزى بالأحراش فى رفح، والواقعة الحادية عشر استهداف القوات المرابطة بكمين الزهور بشمال سيناء، والواقعة الثانية عشر إطلاق نيران على أكمنة القوات المسلحة واستهدافها، منها أكمنة فى مناطق الوفاء والشلاق والقمبذ وقبر عمير والخروبة ومحاولة الاستيلاء على كمينى أبو سدرا وأبو الرفاعى وقسم شرطة الشيخ زويد، وراح ضحيتها أكثر من 40 إرهابيا، واعترف فيها تفصيليا المتهم إبراهيم الأسودوزرع عبوات ناسفة بخط سير قوات الجيش والشرطة بالطريق الدولى الساحلى بطريق قسم رابع العريش وتفجيرها، والواقعة الخامسة عشر عن طريق رصد مبنى وزارة الداخلية ومبنى المخابرات الحربية براس سدر ومطار أبو حماد بالشرقية وسفارات روسيا وفرنسا وبلجيكا وبورما ومحطة الكهرباء المتنقلة برأس سدر ورصد أحد الأقوال الأمنية أسفل جسر العوائد ومقر القوات البحرية بالإسكندرية وبعض الوفود السياحية بفندق العلمين، ورصد القيادى السلفى ياسر برهامى تمهيدا لاستهدافه، ورصد والتخطيط لاغتيال رئيس الجمهورية عبد الفتاح السيسى. واعترف المتهمان أحمد بيومي وباسم حسين خلال تحقيقات النيابة، بأنهما خططا لاغتيال السيسي بعد أن علم أحمد بيومي وهو قائد الخلية، بحكم وظيفته في فندق الساعة، أن الرئيس سيقيم خلال فترة الحج داخل أحد أجنحة الفندق، فاشتروا أدوات تنظيف كيميائية وقاموا بتحضير متفجرات من خلال المواد الكيميائية بها ووضعوها داخل أحد المخازن بها، وخططوا لأن ترتدي زوجة أحمد بيومي حزامًا ناسفًا وتقوم بتفجير نفسها داخل الحرم المكي في الوقت الذي يقوم فيه باقي المتهمين بتنفذيذ العملية، لكن الرئيس لم يقم بهذا الفندق. واعترف المتهمان أيضًا، بأنهم خططوا لاغتيال الأمير محمد بن نايف ووضعوا لذلك مخططًا، الأول استهدافه حال مرور الموكب الميري من أمام الفندق أو استهدافه بواسطة عبوة ناسفة إذا هبطت طائرته المروحية على المهبط المتواجد أعلى الفندق. واعترف المتهم أحمد بيومي، بأنه اعتنق الفكر الداعشي عن طريق الإنترنت والقائم على تكفير الحاكم وقتال قوات الشرطة والجيش واستهداف القضاة من أجل إحداث حالة من الفوضى يتمكن بعدها التنظيم من الوصول إلى الحكم.