أظهر تقرير صادر عن الجهاز المركزي للمحاسبات للعام المالي 2014/2015، إهدار نحو مليون و11 ألف جنيه من حساب رفع كفاءة الخدمات التعليمية بجامعة الفيوم. وذكر التقرير، أن جملة الإيرادات في الحساب من واقع الحساب الختامي مبلغ وقدره 4798239 جنيهًا، بينما بلغت جملة المصروفات لذات العام مبلغ 4591705 جنيهات بعجز قدره 1011052 جنيه. وأفاد التقرير بأنه تم صرف مكافآت مالية غير مستحقة من الحساب بقيمة 793.762 جنيهًا منها مكافئة حضور مجلس العمداء وبلغت قيمتها 22.750 جنيهًا، ومكافأة للجنة التي تقوم بإعداد شهادة رصيد الإجازات بقيمة 125.250 جنيهًا، ومكافأة لمندوبي صرف الكليات بقيمة 34701.14 جنيه، ومكافأة سائقي رئيس الجامعة والنواب والأمين العام بقيمة 18075، ومكافأة سائقي العمداء المقيمين بالقاهرةوالفيوم بقيمة 20250 جنيهًا، ومكافآت متنوعة بلغت قيمتها 185485.95 جنيهًا، بالمخالفة لأحكام المادة 11 من اللائحة المالية. ولفت التقرير إلى صرف مبالغ من حساب رفع كفاءة الخدمات التعليمية في غير الأغراض المنشأ من أجلها، بالمخالفة لأحكام المادة رقم 2 من اللائحة المالية للحساب، وبلغت قيمة ما أمكن حصرة مبلغ 194442 جنيهًا قيمة شراء ماكينة تغليف للبطاقات، و10 علب بلاستيك لتغليف كارنيهات الطلبة، وشراء وحدات باركود لوضعها على بوابات الجامعة، وسداد مديونية لمستشفى الجامعة بشأن علاج طلاب الجامعة التي كان يجب تحميلها على حسابات خاصة بها. وتضمن التقرير وجود مخالفات مالية تتمثل في استرداد رسوم دراسية لبعض طلاب الكليات المختلفة بدلًا من استبعاد هذه المبالغ من حساب الإيرادات، بالإضافة إلى صرف 63562 جنيهًا للصيانة والسلف الخاصة لمكتب القاهرة، وقيمة تصنيع أثاث بمبنى حضارة وادي النيل وسداد مستحقات مياة وكهرباء وحراسة ونظافة لمكتب الجامعة بالقاهرة، ومكافآت تكريم أبناء أعضاء هيئة التدريس. وأشار التقرير إلى وجود مخالفات مالية بقيمة 30800 جنيه تم صرفها دون وجة حق مكافأت مالية، بالإضافة إلى صرف مبلغ 47 ألف جنيه بنسبة 10% المخصصة لإدارة الصناديق الخاصة بالجامعة من حصيلة رسوم الاختبارات الشخصية لكلية الآداب ودار علوم وتربية نوعية، كمكافأت لبعض العاملين بالجامعة على الرغم من عدم وجود أية قرارات تقر بصرف هذة النسبة كمكافآة، بالإضافة إلى وجود بعض العاملين ممن ليس لديهم أية علاقة بهذه الاختبارات، بالإضافة إلى وجود مخالفات بقيمة 18967 لعدم خصم 5% ضمان أعمال من قيمة بعض التوريدات التي شرائها بالأمر المباشر، وذلك بالمخالفة لأحكام القانون رقم 50 من اللائحة التنفيذية من القانون رقم 89 لسنة 1998. كما أشار التقرير إلى عدم اعتماد اللائحة المالية الخاصة بحساب رفع كفاءة الخدمات التعليمية بإدارة الجامعة من قبل وزارة المالية، بالمخالفة لأحكام المادة رقم 32 من القانون رقم 127 لسنة 1981 والخاص بالمحاسبة الحكومية ولائحتة التنفيذية. وأوصى التقرير بإجراء تحقيق لازم تمهيدًا لتحديد المسؤولية ومحاسبة المتسبب في صرف هذة المكافآت دون أي أساس ودون تقديم ما يوضح أداء خدمات ممتازة من قبل العاملين الذين حصلوا على هذة المكافآت، والعمل على ضرورة تحصيلها منهم مرة أخرى وموافاة الجهاز برقم وتاريخ ومستند التحصيل، بالإضافة إلى وقف صرف أية مكافآت من هذا الحساب لمخالفتة اللائحة المالية للحساب. وأوضح التقرير أن "إيرادات هذا الصندوق هي عبارة عن مصروفات يتم تحصيلها من طلاب مرحلة الليسانس والبكالوريوس والدراسات العليا على سبيل التبرع حتى يكون الإنفاق لرفع كفاءة الخدمة التعليمية للطلاب، كما تنص اللائحة المالية لهذا الحساب أنه يتم صرف حوافز للعاملين مقابل خدمات يؤدونها وفي حدود 25% من الحصيلة".