برغم نفيه خارج البلاد، وإضطهاده من قبل النظام السابق بعد إعتراضه على فكرة التوريث إلا أن الدكتور سعد الدين إبراهيم له وجهة نظر مختلفة في مسألة العفو عن الرئيس السابق مبارك. فقد قال الدكتور سعد الدين إبراهيم أستاذ علم الاجتماع السياسي لبوابة الشباب إنه لا يري أزمة في العفو عن مبارك إذا كانت هناك رغبة شعبيه وتوقع أن توافق نسبة كبيرة من الشعب المصري على مسألة العفو عن مبارك، واقترح طرح العفو في إستفتاء شعبي وبناء علي نتيجته يقرر المجلس العسكري العفو عنه أم لا؟. وأكدالدكتور سعد الدين إبراهيم على أنه يجب في جميع الأحوال محاكمته أولا وإصدار حكم ضده، وبعدها نطرح فكرة المسامحة والعفو، مؤكداً أنه لم يشمت مطلقا فيما حدث لمبارك وأسرته رغم الأحكام التي صدرت ضده ونفيه خارج البلاد بعدما هاجم فكرة التوريث، وصرح أيضا أن حق العفو عن مبارك يقع في يد إثنين إما الشعب الذي لابد أن يستفتي أو في يد الرئيس القادم وإذا وافق الرئيس القادم على العفو عن مبارك فعلينا إحترام قراره لأنه سيكون رئيس منتخب نحن من أتينا به وعلينا إحترام قراراته. وأكد الدكتور سعد الدين إبراهيم أنه إنضم لحزب مصر الأحرار لأنه يري فيه حزب حقيقي يحترم حقوق المواطنة والحرية والديمقراطية وهي أهم المباديء التي يجب علينا تأكيدها في هذه المرحلة.