على الرغم من كونها من أكثر محافظات مصرمن حيث المساحة وتنتشر في ربوعها قلعة صناعة قصب السكر وبها اكبر مصنع بالشرق الأوسط لإنتاج خام الألمنيوم فقد ظلت قنا تعانى عدد من المشكلات المزمنة والتي ظلت تتراكم على فترات زمنية بالرغم من تعاقب المحافظين عليها وتعد مشكلة الصرف الصحي من اكبر المشكلات التي تعانى منها قنا حيث يفتقر أكثر من73%من السكان لهذه الخدمة والتي يعد غيابها احد أسباب انتشار الوفيات خاصة بين الأطفال وظهور العديد من الأمراض السرطانية الناتجة عن اختلاط مياه الشرب بالصرف الصحي إلى جانب عدم توفر مياه الشرب في عشرات القرى بمراكز المحافظة خاصة في المناطق الشمالية في مراكز أبو تشت وفر شوط والتي يلجا معظم سكانها إلى شراء جراكن المياه النظيفة يوميا من الباعة الجائلين الذين استغلوا حاجة الناس للماء فقاموا برفع سعرها ليصل على سبيل المثال ولا الحصر سعر ألجركن الصغير سعة 40 لتر لخمسة جنيهات انهيار شبكة الصرف الصحي وعدم وجودها في الكثير من مراكز وقرى قنا جعلت المياه الجوفية تصل لحد تهديد أكثر من23%من المنازل بالسقوط في مدينة قوص ناهيك عن تعرض المباني الخاصة بالمواطنين والمؤسسات والمستشفى العام بنجع حمادي للتصدع وانتشار البرك ومستنقعات الصرف الصحي وما يؤثر بدوره على الصحة العامة وتعريض حيلة المواطنين للخطر من جانبه أشار المهندس محمد لطفي كامل بوزارة الدولة لشؤون البيئة في دراسته عن المشاكل التنموية بمحافظة قنا إلى عدم وجود شبكة صرف صحي بقنا في غالبية المدن والقرى مقابل عدم كفاية أنظمة الكسح المتاحة كما أكد على وجود قصورفى أعمال الصيانة لمياه الشرب وتلوث المياه